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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCTTATGTGTACTTCAGCTCCACGTTGCCACGGGATCTTCTCAAGGCAATTAAAGAGGACAGAGCTTTGATGTCACGGATTTCTGCTCTTAGAGAGgtacagcttgatacttggctgaattgctgctgatacttctctcacag

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ29221
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169113298|gb|FE515249.1|FE515249
EST:     CAATTAAAGAGGACAGAGCTTTGATGTCACGGATTTCTGCTCTTAGAGAG                         GTCAATCTCGAGTACTTGGCAATCGATATGCAG
genomic: CAATTAAAGAGGACAGAGCTTTGATGTCACGGATTTCTGCTCTTAGAGAGgtacagcttg ... tctctcacagGTCAATCTCGAGTACTTGGCAATCGATATGCAG
EST: gi|169048406|gb|FE457355.1|FE457355
EST:     CAATTAAAGAGGACAGAGCTTTGATGTCACGGATTTCTGCTCTTAGAGAG                         GTCAATCTCGAGTACTTGGCAATCGATATGCAG
genomic: CAATTAAAGAGGACAGAGCTTTGATGTCACGGATTTCTGCTCTTAGAGAGgtacagcttg ... tctctcacagGTCAATCTCGAGTACTTGGCAATCGATATGCAG
EST: gi|169116012|gb|FE517375.1|FE517375
EST:     CAATTAAAGAGGACAGAGCTTTGATGTCACGGATTTCTGCTCTTAGAGAG                         GTCAATCTCGAGTACTTGGCAATCGATATGCAG
genomic: CAATTAAAGAGGACAGAGCTTTGATGTCACGGATTTCTGCTCTTAGAGAGgtacagcttg ... tctctcacagGTCAATCTCGAGTACTTGGCAATCGATATGCAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AGCTTATGTGTACTTCAGCTCCACGTTGCCACGGGATCTTCTCAAGGCAATTAAAGAGGACAGAGCTTTGATGTCACGGATTTCTGCTCTTAGAGAGgtacagcttgatacttggctgaattgctgctgatacttctctcacag

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT