1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
AAGGATCGCTTTAAGGGAAAACATGTTTATACACCAGTTACCAGAGAGGGATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcataatggcttgctatatgcactaattcttaatggatttatgtttgcag
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ34434 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169108566|gb|FE510781.1|FE510781
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGTTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAAGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169031797|gb|FE438482.1|FE438482
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169055215|gb|FE461076.1|FE461076
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169112151|gb|FE513494.1|FE513494
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: AGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169060203|gb|FE467565.1|FE467565
genomic: AGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169025759|gb|FE433669.1|FE433669
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGEST: gi|169110929|gb|FE509334.1|FE509334
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTG
EST: ATACGGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169114469|gb|FE516539.1|FE516539
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169057177|gb|FE464688.1|FE464688
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169048945|gb|FE456062.1|FE456062
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169112990|gb|FE515470.1|FE515470
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169058238|gb|FE466005.1|FE466005
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: GGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169114468|gb|FE516538.1|FE516538
genomic: GGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169065200|gb|FE474024.1|FE474024
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCACCATGGGAGATGT-GCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169039673|gb|FE448607.1|FE448607
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169112152|gb|FE513495.1|FE513495
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169096046|gb|FE500024.1|FE500024
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169065201|gb|FE474025.1|FE474025
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: TACTGGCAGTTTCA-CATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTEST: gi|169096045|gb|FE500023.1|FE500023
genomic: TACTGGCAGTT-CAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCT
EST: ATACTGGCAGTTCACCATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169093446|gb|FE495727.1|FE495727
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGCEST: gi|169031873|gb|FE438506.1|FE438506
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
EST: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAG GGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
genomic: ATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcat ... atgtttgcagGGTTCTGTGCTAAAGGATGTGCTGCAATTGCAGATTCTGGAACTTCACTGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGGATCGCTTTAAGGGAAAACATGTTTATACACCAGTTACCAGAGAGGGATACTGGCAGTTCAACATGGGAGATGTGGCTGTGGATGGCCAGAGCACAGgttatatcataatggcttgctatatgcactaattcttaatggatttatgtttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA