1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
CCAAAATTCCTTTCCCGCTCACGCAAAGATTCCGAGGGATGTTGCAAAATGGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATGgtaagctgctagcaaggttaagtttcatgctcggtgtgtatcgacag
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ16068 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATG GTATTTCTTAAATCTTTTCGGGTTGAGAGGCCTCTTCAGCTTGATCCTCGGEST: gi|169054694|gb|FE461634.1|FE461634
genomic: GGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATGgtaagctgct ... gtatcgacagGTATTTCTTAAATCTTTTCGGGTTGAGAGGCCTCTTCAGCTTGATCCTCGG
EST: GGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATG GTATTTCTTAAATCTTTTCGGGTTGAGAGGCCTCTTCAGCTTGATCCTCGGEST: gi|169102913|gb|FE505278.1|FE505278
genomic: GGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATGgtaagctgct ... gtatcgacagGTATTTCTTAAATCTTTTCGGGTTGAGAGGCCTCTTCAGCTTGATCCTCGG
EST: GGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATG GTATTTCTTAAATCTTTTCGGGTTGAGAGGCCTCTTCAGCTTGATCCTCGGEST: gi|169078345|gb|FE490378.1|FE490378
genomic: GGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATGgtaagctgct ... gtatcgacagGTATTTCTTAAATCTTTTCGGGTTGAGAGGCCTCTTCAGCTTGATCCTCGG
EST: GGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATG GTATTTCTTAAATCTTTTCGGGTTGAGAGGCCTCTTCAGCTTGATCCTCGGEST: gi|169076017|gb|FE480999.1|FE480999
genomic: GGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATGgtaagctgct ... gtatcgacagGTATTTCTTAAATCTTTTCGGGTTGAGAGGCCTCTTCAGCTTGATCCTCGG
EST: GGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATG GTATTTCTTAAATCTTTTCGGGTTGAGAGGCCTCTTCAGCTTGATCCTCGGEST: gi|169070878|gb|FE480662.1|FE480662
genomic: GGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATGgtaagctgct ... gtatcgacagGTATTTCTTAAATCTTTTCGGGTTGAGAGGCCTCTTCAGCTTGATCCTCGG
EST: GGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATG GTATTTCTTAAATCTTTTCGGGTTGAGAGGCCTCTTCAGCTTGATCCTCGG
genomic: GGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATGgtaagctgct ... gtatcgacagGTATTTCTTAAATCTTTTCGGGTTGAGAGGCCTCTTCAGCTTGATCCTCGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCAAAATTCCTTTCCCGCTCACGCAAAGATTCCGAGGGATGTTGCAAAATGGAATCGACTTGAGCTCGGTGGATGTGAGCTATGTCAGCAGCCGTTCATGgtaagctgctagcaaggttaagtttcatgctcggtgtgtatcgacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA