Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTCGGAGGCAGAGCCGCAGAAGAGATCGTGTTTGGCAGTCCGGAAGTCACAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtttcattggcattgctttccaagttccaactctcggaacttttgactgctttacgcag

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ19987
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169097739|gb|FE497466.1|FE497466
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169115717|gb|FE517303.1|FE517303
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169082589|gb|FE489073.1|FE489073
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169108620|gb|FE510796.1|FE510796
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169094535|gb|FE492433.1|FE492433
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169044095|gb|FE452097.1|FE452097
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169056847|gb|FE465424.1|FE465424
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169018982|gb|FE427375.1|FE427375
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169098458|gb|FE498514.1|FE498514
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169100255|gb|FE502950.1|FE502950
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169074213|gb|FE482419.1|FE482419
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169101335|gb|FE501997.1|FE501997
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169044600|gb|FE451146.1|FE451146
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169020910|gb|FE431988.1|FE431988
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGTT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169074212|gb|FE482418.1|FE482418
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169023479|gb|FE430077.1|FE430077
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169018981|gb|FE427374.1|FE427374
EST:     ATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTGTGATAGAT
genomic: ATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169048291|gb|FE456265.1|FE456265
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
EST: gi|169092755|gb|FE493697.1|FE493697
EST:     CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAA                         ATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT
genomic: CAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 33 (downstream exon)
Score: 13

TCTCGGAGGCAGAGCCGCAGAAGAGATCGTGTTTGGCAGTCCGGAAGTCACAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtt ... ctttacgcagATGGTCACGGTGTTTGGAATGTCAGAAATTGGGCCATGGGCTCTGATAGATCCTGCTGTTCAAGGTGGTGACGTGATCTTACGTATGATGGCCCGGAACT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCTCGGAGGCAGAGCCGCAGAAGAGATCGTGTTTGGCAGTCCGGAAGTCACAACTGGTGCTGCGAGCGATTTGCAACAGGTTGCTTCGATGGCCAAACAAgtaagctgtttcattggcattgctttccaagttccaactctcggaacttttgactgctttacgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC