Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTTACACTGGCGGCTTGGTTCTCGAACCGAAAAAGGGGCTTTACGACAAGTATATTTTGCTTCTGGATTTCAATAGTCTTTATCCATCTATAATCCAGgtattttgtcgttagtattcaaaagctcacggtttcgttttctttttcatgaaatgccgtag

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ25004
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: EFJ25004 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 15
lower sequence: AT5G67100.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 13
GGCTTACACTGGCGGCTTGGTTCTCGAACCGAAAAAGGGGCTTTACGACAAGTATATTTTGCTTCTGGATTTCAATAGTCTTTATCCATCTATAATCCAGgt----attttgtcgttagtattcaaa-----agctcacggtttcgttttctttttcatgaaatgccgtag---------
 || ||| |||| ||  ||||  | || || || |  ||  | || ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||    |  ||||   || |  ||||       |   | | || ||  | |||  |  | ||  | | |           
AGCCTACGCTGGTGGACTGGTCTTGGAGCCAAAGAGAGGCTTATATGACAAATATGTCTTGCTTCTGGATTTCAATAGTCTTTACCCTTCTATTATACAGgttagcagattgtttctatttctcaagcctttggtggatgtttccgcctgcttggtagttaacagtcatgatattttcag