1 5' 3' |
ACAAGTTCTCGTGCCTAGTGATGGAGTTTTGCACTGGCGGGGACTTGCACACCTTGCGCCAGCGGCAACCAAACAAGCACTTTACGGAACAAGCTGCGAGgtaaagtactttttttcttgcgaaagtttcgattttgattgctgttctggctgagaaactggaacttcgaagcttccagctcttttggaaagagtggaag...
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ15170 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACCTTGCGCCAGCGGCAACCAAACAAGCACTTTACGGAACAAGCTGCGAG GTTCTATGCCTCGGAAGTTCTCCTGGCACTGGAGTACCTCCATATGCTCGG
genomic: ACCTTGCGCCAGCGGCAACCAAACAAGCACTTTACGGAACAAGCTGCGAGgtaaagtact ... gatcacacagATTCTATGCCTCGGAAGTTCTTCTGGCACTGGAGTACCTCCATATGCTCGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACAAGTTCTCGTGCCTAGTGATGGAGTTTTGCACTGGCGGGGACTTGCACACCTTGCGCCAGCGGCAACCAAACAAGCACTTTACGGAACAAGCTGCGAGgtaaagtactttttttcttgcgaaagtttcgattttgattgctgttctggctgagaaactggaacttcgaagcttccagctcttttggaaagagtggaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttttct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttttgatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaagag