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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTGgtaatttgcttagcattttctaaaccattttcagagttatgcaagattctctcctcagtgttgaaaaaagctcgtactgtatccctcatgtttgtttccgtttatacataaaatcttcgtaaccaaggtccgttttacggtgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S90_139V6.2
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37837780|gb|BJ595788.1|BJ595788
EST:     GTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTG                         AGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT
genomic: GTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTGgtaatttgct ... tacggtgcagAGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT
EST: gi|67699745|gb|BJ959978.1|BJ959978
EST:     ACGTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTG                         AGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT
genomic: ACGTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTGgtaatttgct ... tacggtgcagAGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT
EST: gi|162209803|gb|FC385737.1|FC385737
EST:     GTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTG                         AGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT
genomic: GTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTGgtaatttgct ... tacggtgcagAGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT
EST: gi|67698886|gb|BJ959119.1|BJ959119
EST:     GTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTG                         AGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT
genomic: GTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTGgtaatttgct ... tacggtgcagAGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT
EST: gi|37828378|gb|BJ586390.1|BJ586390
EST:     GTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTG                         AGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT
genomic: GTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTGgtaatttgct ... tacggtgcagAGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT
EST: gi|208381832|gb|DC923761.1|DC923761
EST:     GTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTG                         AGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT
genomic: GTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTGgtaatttgct ... tacggtgcagAGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT
EST: gi|37848383|gb|BJ606391.1|BJ606391
EST:     GTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTG                         AGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT
genomic: GTAATAACGAACCCGGAAGCATGGTAGTTGGGCAGACATTTACTATTGgtaatttgct ... tacggtgcagAGCCCATGTTGACACAAGGGAGCACAAGGGATGTTATGTGGAACGATAACT