Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAGAGGACTTCGTGCATTACAGTTGCTGACAACTGGGATGATTTCATAGCAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatctccctactttccgttctccacaaggacttataaaaatggatcgcgttggcttataattgggttacttcctcttgcaagtaccttaaatga...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S7_175V6.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18339632|gb|BJ171659.1|BJ171659
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|162238449|gb|FC414587.1|FC414587
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|37829899|gb|BJ587911.1|BJ587911
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|162173416|gb|FC349795.1|FC349795
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|162224268|gb|FC399514.1|FC399514
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|37841561|gb|BJ599569.1|BJ599569
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|67699791|gb|BJ960024.1|BJ960024
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|37823266|gb|BJ581332.1|BJ581332
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|37828261|gb|BJ586273.1|BJ586273
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|162264776|gb|FC440343.1|FC440343
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTG
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTG
EST: gi|162168455|gb|FC344119.1|FC344119
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|162215796|gb|FC390861.1|FC390861
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|208351458|gb|DC926304.1|DC926304
EST:     CGGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|162250112|gb|FC427421.1|FC427421
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|162258850|gb|FC434857.1|FC434857
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|162237814|gb|FC413923.1|FC413923
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|37827562|gb|BJ585574.1|BJ585574
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|162158159|gb|FC333954.1|FC333954
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|37825576|gb|BJ583642.1|BJ583642
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|37826374|gb|BJ584386.1|BJ584386
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|37853519|gb|BJ611527.1|BJ611527
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|162224254|gb|FC399513.1|FC399513
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|162264775|gb|FC440342.1|FC440342
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
EST: gi|162215795|gb|FC390860.1|FC390860
EST:     CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTG                         GAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT
genomic: CAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 33 (downstream exon)
Score: 8

AGAGAGGACTTCGTGCATTACAGTTGCTGACAACTGGGATGATTTCATAGCAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatc ... gaatttgcagGAGGTGGAGGAAAGTGTCAAGGCTCGCACAAAGGGTGAAGCTGGTGCTGCTAAAACCCTATGCATGCCATTCGAGCAGGATACCCTTCCAATGGTGTCGA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGAGAGGACTTCGTGCATTACAGTTGCTGACAACTGGGATGATTTCATAGCAGCTTTGAACAATAAAAAGATGGTCCTCGCTCCCTGGTGTGATGAAGTGgtaaattatctccctactttccgttctccacaaggacttataaaaatggatcgcgttggcttataattgggttacttcctcttgcaagtaccttaaatga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG