Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGTTTTCGTGGCACAATCCTACAGCAAGAATCTCGGTCTCTATGCCGAGCGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgccttatcaacatctctagagttcatatgtgagctttgtcaaagtcaacacaattgggcattgcgctgttcatagtctctaattgcagaatctgatgctggattgttgtgtgtatcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S540_7V6.3
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18339711|gb|BJ171738.1|BJ171738
EST:     TGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
genomic: TGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
EST: gi|208386964|gb|DC956933.1|DC956933
EST:     CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGNTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
genomic: CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
EST: gi|37838764|gb|BJ596772.1|BJ596772
EST:     CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATG-TGCTGCTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCCAAANNNNN
genomic: CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACT-CAAA-CCCA
EST: gi|162158558|gb|FC334561.1|FC334561
EST:     TCTGCAGATGTTGCTGCTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
genomic: TCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
EST: gi|208382292|gb|DC919280.1|DC919280
EST:     ATCAATGCGATTGTATCCTNTGCAGATGNTGCTGCTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
genomic: ATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
EST: gi|67698272|gb|BJ958505.1|BJ958505
EST:     CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
genomic: CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
EST: gi|162196656|gb|FC373802.1|FC373802
EST:     CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
genomic: CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
EST: gi|208386221|gb|DC952934.1|DC952934
EST:     CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
genomic: CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
EST: gi|162217709|gb|FC393801.1|FC393801
EST:     CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
genomic: CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
EST: gi|162217708|gb|FC393800.1|FC393800
EST:     CTGCAGATGTTGCTGCTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
genomic: CTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
EST: gi|208366815|gb|DC940129.1|DC940129
EST:     CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
genomic: CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
EST: gi|162158559|gb|FC334562.1|FC334562
EST:     CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
genomic: CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
EST: gi|162196657|gb|FC373803.1|FC373803
EST:     CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
genomic: CGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
EST: gi|162167594|gb|FC343739.1|FC343739
EST:     GCAGATGTTGCTGCTAG                         GGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC
genomic: GCAGATGTTGCTGCTAGgtatgcctta ... tgtgtatcagGGTTAAGAGCCAGCTGAAGAGGATTGCAAGACCAATGTACTCAAACCCACC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGTTTTCGTGGCACAATCCTACAGCAAGAATCTCGGTCTCTATGCCGAGCGTGTGGGTGCTATCAATGCGATTGTATCCTCTGCAGATGTTGCTGCTAGgtatgccttatcaacatctctagagttcatatgtgagctttgtcaaagtcaacacaattgggcattgcgctgttcatagtctctaattgcagaatctgatgctggattgttgtgtgtatcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT