Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGAACGTTGGACAGCACTCTCGTGGTTGTGGGAGTTGGTGCAAAACCACTTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttttctgctctataacgtaataagtggttgatatacacgctaatgtttattcattggcgcaatttctgttgtgctggtttatcttgttaccta...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S211_74V6.2
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162272098|gb|FC447892.1|FC447892
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|37847063|gb|BJ605071.1|BJ605071
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162269070|gb|FC444938.1|FC444938
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162178671|gb|FC354460.1|FC354460
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTG-TGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|37842298|gb|BJ600306.1|BJ600306
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGNCAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|37833772|gb|BJ591784.1|BJ591784
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|208374031|gb|DC948900.1|DC948900
EST:     -TTTNGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162252208|gb|FC425886.1|FC425886
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162162176|gb|FC337750.1|FC337750
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|37851750|gb|BJ609758.1|BJ609758
EST:     TTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162150157|gb|FC326034.1|FC326034
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162200524|gb|FC376719.1|FC376719
EST:     TTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162211738|gb|FC387402.1|FC387402
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|37853592|gb|BJ611600.1|BJ611600
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|37841002|gb|BJ599010.1|BJ599010
EST:     TTTTAAGGGTTTGTNGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCNTCATTCAAGNCAAGNGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|18336777|gb|BJ168800.1|BJ168800
EST:     GGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGNAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: GGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162169587|gb|FC345527.1|FC345527
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|67693861|gb|BJ954094.1|BJ954094
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162232302|gb|FC408645.1|FC408645
EST:     AGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: AGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|37847398|gb|BJ605406.1|BJ605406
EST:     CTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: CTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|67695526|gb|BJ955759.1|BJ955759
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162161769|gb|FC338209.1|FC338209
EST:     GGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: GGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162177473|gb|FC353734.1|FC353734
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162217182|gb|FC392546.1|FC392546
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162247321|gb|FC420285.1|FC420285
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162177712|gb|FC354546.1|FC354546
EST:     GTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: GTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|208345387|gb|DC917312.1|DC917312
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCNTCATTCANGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
EST: gi|162272099|gb|FC447893.1|FC447893
EST:     TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAG                         GTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT
genomic: TTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttt ... tgtttttcagGTTGATGCCTCATTCAAGACAAGTGACCCCAACGTGTACGCTGTAGGTGAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAGAACGTTGGACAGCACTCTCGTGGTTGTGGGAGTTGGTGCAAAACCACTTTTGGGTCCTTTTAAGGGTTTGTTGGAGGAGGAGAAGGGTGGTATTAAGgtttgtgttttctgctctataacgtaataagtggttgatatacacgctaatgtttattcattggcgcaatttctgttgtgctggtttatcttgttaccta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA