Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTTTACCTTCTGgtaagtgagacagttatctttttatagtaaagtgacctatttagttgtatttaaacccatttgatgtcacatttgactagacccgttttatcgttcacggtttttactagcaccaatattaacaatcgtcgtcttgcttgatcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S168_70V6.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100417708|gb|BY975615.1|BY975615
EST:     GACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTTTACCTTCTG                         TTATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACGCCAAAAAGATCTTCTT
genomic: GACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTTTACCTTCTGgtaagtgaga ... gcttgatcagTTATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACGCCAAAAAGATCTTCTT
EST: gi|162194861|gb|FC370525.1|FC370525
EST:     GACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTTTACCTTTTG                         TTATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACGCCAAAAAGATCTTCTT
genomic: GACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTTTACCTTCTGgtaagtgaga ... gcttgatcagTTATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACGCCAAAAAGATCTTCTT
EST: gi|162223684|gb|FC399457.1|FC399457
EST:     GACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTTTACCTTTTG                         TTATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACGCCAAAAAGATCTTCTT
genomic: GACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTTTACCTTCTGgtaagtgaga ... gcttgatcagTTATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACGCCAAAAAGATCTTCTT
EST: gi|100405914|gb|BY991447.1|BY991447
EST:     CTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCANCAA-CCCTAAGTTTACCTTTCTG                         T-ATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACGCCAAAA-GATCTTCT
genomic: CTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCA-CAAACCCTAAGTTTACCTT-CTGgtaagtgaga ... gcttgatcagTTATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACGCCAAAAAGATCTTCT
EST: gi|162162825|gb|FC338087.1|FC338087
EST:     GACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTTTACCTTTTG                         TTATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACGCCAAANAGATCTTCTT
genomic: GACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTTTACCTTCTGgtaagtgaga ... gcttgatcagTTATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACGCCAAAAAGATCTTCTT
EST: gi|162193559|gb|FC370462.1|FC370462
EST:     GACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTTTACCTTTTG                         TTATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACG
genomic: GACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTTTACCTTCTGgtaagtgaga ... gcttgatcagTTATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACG
EST: gi|162164264|gb|FC342079.1|FC342079
EST:     GACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTTTACCTTTTG                         TTATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACGCCAAAAAGATCTTCTT
genomic: GACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTTTACCTTCTGgtaagtgaga ... gcttgatcagTTATGATGCACTTCATGGTGTTGCTGGTGTGTACGCCAAAAAGATCTTCTT