Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTCGCTTATTTGTAGCTGATGGTGGGGAATGTTTTGTTGCACAAAGTTATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttcttcgttgagattatgtggttcatcatcgccggttgaccgactcacgccaggatcaatgtttgctggaatcttgttctggatatatatctata...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S132_95V6.2
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S132_95V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
TGTTCGCTTATTTGTAGCTGATGGTGGGGAATGTTTTGTTGCACAAAGTTATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagtt--cttcgttgagat---tatgtggttcatcatcgccggttgaccgactcacgccaggatcaatgtttgctggaatc-ttgttctggatatatatctata
 || ||| | ||||| ||||||||||| ||||   |  | || || || || ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||| | ||||| |  ||||  |   ||   | |   ||||| | | |  | ||| ||       |   |    | | ||  | |   |   |||  |    ||     |   
AGTGCGCATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAATTGCTCATGGCTCAGAGCTACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatcttcactctaatatttgtcaagttcagctttgtggcttgcccatactttgttcg---tagtcttgaccgaggttgctgtcatcttcatgctgtt---

upper sequence: PP1S132_95V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 9
lower sequence: AT5G11520.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
TGTTCGCTTATTTGTAGCTGATGGTGGGGAATGTTTTGTTGCACAAAGTTATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttcttcgttgagattatgtggttcatc--atcgccggttgaccgactcacgccaggatcaatgt--ttgctggaatcttgttctggatatatatctata
| || |  | ||||| |||||||| || |||||  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||  | ||| | |||||  | |  |  |    | |   |  ||   |    ||  | |   | ||   |    || || |   ||| || |                         
TATTAGGATGTTTGTTGCTGATGGCGGAGAATGCCTCGTTGCTCAAAGTTATGCGAAGAACATGGGACTCTATGGAGAACGAGTTGGAGCTCTCAGCATTgtaagaacctgttgcattgcaagaaatctatttaagaaacgcgtaagaaattctttctgacataaaagaagttgttgtag------------------------

upper sequence: PP1S132_95V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 9
lower sequence: Vv04s0008g03770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
TGTTCGCTTATTTGTAGCTGATGGTGGGGAATGTTTTGTTGCACAAAGTTATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagtt-cttcgttgagattatgtggttcatcatcgccggttgaccgactcacgccaggatcaatgtttgctggaatcttgtt-ctggatatatatctata-
||||||| | ||||| ||||||||||| |||||  ||| ||| || |||||||| ||||||||||| || || || || || || |||||| | ||| | |||||   | |       | | ||  |||  |   |     |||  |   | |       |    |||||  | |   ||| || | | ||  |||| |  | 
TGTTCGCATGTTTGTTGCTGATGGTGGTGAATGCCTTGCTGCTCAGAGTTATGCCAAGAACATGGGGCTCTACGGGGAACGTGTTGGTGCACTGAGCATTgtaagagacctaagaccaactttgaagtttttttac-taaattgtgctctttaaattttcaaagttgttt--ttgttccttattgccgaatccatatttgcac

upper sequence: PP1S132_95V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 9
lower sequence: EFJ08853 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 8
TGTTCGCTTATTTGTAGCTGATGGTGGGGAATGTTTTGTTGCACAAAGTTATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttcttcgttgagattatgtggttcatcatcgccggttgaccgactcacgccaggatcaatgtttgctggaatcttgttctggatatatatctata
 |||||    |||||||||||||| || || || ||  |||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||| || || || || ||  | ||| | |||||||     |  || |    ||  | ||    || | |     |  ||    |||                                          
GGTTCGAACCTTTGTAGCTGATGGCGGAGAGTGCTTCATTGCTCAAAGCTTTGCTAAAAACATGGGACTTTATGGTGAACGCGTTGGAGCTCTCAGCATTgtaagtt-----taaaggtagcctgacttatggaggctgatatcaagtttcttttcag------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208348540|gb|DC905819.1|DC905819
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162173605|gb|FC349573.1|FC349573
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162182166|gb|FC358181.1|FC358181
EST:     GACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: GACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|67726923|gb|BJ977182.1|BJ977182
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162196336|gb|FC375406.1|FC375406
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|208400819|gb|DC925099.1|DC925099
EST:     ATGCTAAGANCNTGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162267155|gb|FC443386.1|FC443386
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|208350485|gb|DC926452.1|DC926452
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGNTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162205457|gb|FC381555.1|FC381555
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTNAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|208366377|gb|DC947573.1|DC947573
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162175651|gb|FC351238.1|FC351238
EST:     ATGCTAAGAACATGAGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162263808|gb|FC438427.1|FC438427
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
EST: gi|162176138|gb|FC351087.1|FC351087
EST:     ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTC                         GTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG
genomic: ATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttctt ... ttggactcagGTGTGTACGAATGCTGCTGTGGCAAGTCGGGTAGACAGTCAGTTAAAACTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGTTCGCTTATTTGTAGCTGATGGTGGGGAATGTTTTGTTGCACAAAGTTATGCTAAGAACATGGGACTTTATGGAGAGCGAGTCGGTGCATTAAGCGTCgtaagttcttcgttgagattatgtggttcatcatcgccggttgaccgactcacgccaggatcaatgtttgctggaatcttgttctggatatatatctata

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA