Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACCTTTTGGTTCTTCAGCTATCCTTGGAGGTTACGATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttattgttttcctccacccccaacgtgacattcttttcctgttccttcagaggggaattgcttgtttgttgatctggtatttacggtacgttacattgttgtggatgtag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S72_57V6.4
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S72_57V6.4 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G028346_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 1
---------------ACCTTTTGGTTCTTCAGCTATCCTTGGAGGTTACGATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttattgttttcctccacccccaacgtgacattcttttcctgttcct-tcagaggggaattgcttgtttgttgatctggtatttacggtacgttacattgttgtggatgtag
               |||||||||||     | ||| ||||||||||| ||| | ||||| || || ||||||||||| ||||| || || ||| |||||||||||| ||  | |  | ||        ||  |||| | ||  | |   | | || | | |      ||  | | | | |   ||  ||  | | || || |             
TTTCTGTTATATCAGACCTTTTGGTTGCGGTGTTATTCTTGGAGGTTATGATAGGGATGGACCACAGCTTTACATGATAGAGCCCTCAGGAGTTTCCTATgtaagttgttactgtattacatagtt---gtatcattgtatttgtatcaatgtgagtgtgtaggcttatggctttagcttttacatgaactatgcattccact-------------

upper sequence: PP1S72_57V6.4 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G028346_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
ACCTTTTGGTTCTTCAGCTATCCTTGGAGGTTACGATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttattgttttcctccacccccaacgtgacattcttttcctgttcct-tcagaggggaattgcttgtttgttgatctggtatttacggtacgttacattgttgtggatgtag
|||||||||||     | ||| ||||||||||| ||| | ||||| || || ||||||||||| ||||| || || ||| |||||||||||| ||  | |  | ||        ||  |||| | ||  | |   | | || | | |      ||  | | | | |   ||  ||  | | || || |             
ACCTTTTGGTTGCGGTGTTATTCTTGGAGGTTATGATAGGGATGGACCACAGCTTTACATGATAGAGCCCTCAGGAGTTTCCTATgtaagttgttactgtattacatagtt---gtatcattgtatttgtatcaatgtgagtgtgtaggcttatggctttagcttttacatgaactatgcattccact-------------

upper sequence: PP1S72_57V6.4 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
lower sequence: EFJ26434 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 7
ACCTTTTGGTTCTTCAGCTATCCTTGGAGGTTACGATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagt-tattgttttcctccacccccaacgtgacattcttttcctgttccttcagaggggaattgcttgtttgttgatctggtatttacggtacgttacattgttgtggatgtag
 || || ||  ||  ||  || ||||| || |||||  | ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||| |  || |||   | |    |||      ||| |   | ||                                                                     
GCCGTTCGGCACTGGAGTAATACTTGGCGGGTACGACAGAGATGGGCCGCAACTTTACATGATTGAACCTTCCGGTGTTTCGTATgtaagtgtgctggttttagcgaggatcaagcactgattttccccatgcag------------------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18335635|gb|BJ167655.1|BJ167655
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|37840289|gb|BJ598297.1|BJ598297
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|208346631|gb|DC916897.1|DC916897
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|37844839|gb|BJ602847.1|BJ602847
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|208367520|gb|DC954952.1|DC954952
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|67693091|gb|BJ953324.1|BJ953324
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|37823229|gb|BJ581295.1|BJ581295
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|162272069|gb|FC447863.1|FC447863
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|162272070|gb|FC447864.1|FC447864
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|162267459|gb|FC444210.1|FC444210
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|208371637|gb|DC932466.1|DC932466
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|208369160|gb|DC956035.1|DC956035
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|37823184|gb|BJ581250.1|BJ581250
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|208394276|gb|DC904096.1|DC904096
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|208390148|gb|DC941955.1|DC941955
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|208374326|gb|DC948386.1|DC948386
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|208363378|gb|DC946976.1|DC946976
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|208399219|gb|DC916574.1|DC916574
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|162209436|gb|FC386069.1|FC386069
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|37847181|gb|BJ605189.1|BJ605189
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCGAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|208349231|gb|DC917995.1|DC917995
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
EST: gi|208357921|gb|DC943047.1|DC943047
EST:     ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTAT                         CGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC
genomic: ATCGTGATGGTCCTCAACTTTACATGATTGAGCCTTCGGGTGTTGCCTATgtaagttatt ... gtggatgtagCGCTATTTCGGAGCTGCGGTTGGAAAGGGTCGTCAAGCCGCAAAGAC