Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAAACTGGGGTGTACAAGCACCTGTATGGTGGATACATCGGAGGTCATGCTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggagttcattggcttttacatgtattgacattagtgcaatagccttggtctaggcatgtatgagttctgttgattacttgctgtgattaacatcttcctgaccatgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S58_52V6.4
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S58_52V6.4 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv07s0005g02820.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
CAAAACTGGGGTGTACAAGCACCTGTATGGTGGATACATCGGAGGTCATGCTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggagttcattggcttttacatgtattgacattagtgcaatagccttggtctagg---catgtatgagttctgttgattacttgctgtgattaacat--cttcctgaccatgcag------------
  |  | || || ||||   ||      || |    ||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||  |    |  ||  | |  ||  | |  | |   ||   | ||||  ||  | | ||    || ||| |  | |  | |        | ||  ||| ||   ||| |||  ||| |             
TGAGTCAGGAGTTTACAGATACACCACAGGCGATGTCATGGGAGGTCATGCCGTTAAGCTGATAGGTTGGGGAACCACCGATGATGGGGAGGATTATTGGgtatctc---tctatctgttcctatttatcat-attctataaccatagattttattttggttctatttatcatcttttataaccgtagattttgtctaagataatttcttgattatgtattctttgttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208375210|gb|DC945360.1|DC945360
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162276036|gb|FC452312.1|FC452312
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|37834980|gb|BJ592992.1|BJ592992
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162225539|gb|FC401473.1|FC401473
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|19789156|gb|BQ041132.1|BQ041132
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162217353|gb|FC392821.1|FC392821
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|208383533|gb|DC923685.1|DC923685
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|208382375|gb|DC927909.1|DC927909
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162275589|gb|FC451318.1|FC451318
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|37850123|gb|BJ608131.1|BJ608131
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|37834354|gb|BJ592366.1|BJ592366
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162272684|gb|FC448310.1|FC448310
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162246567|gb|FC419999.1|FC419999
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162272146|gb|FC447940.1|FC447940
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162272685|gb|FC448311.1|FC448311
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|37848539|gb|BJ606547.1|BJ606547
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|37833205|gb|BJ591217.1|BJ591217
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162190517|gb|FC365739.1|FC365739
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162207582|gb|FC384035.1|FC384035
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|7046887|gb|AW476831.1|AW476831
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGCGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162245122|gb|FC421596.1|FC421596
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162276643|gb|FC452221.1|FC452221
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|67697615|gb|BJ957848.1|BJ957848
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162223960|gb|FC398966.1|FC398966
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162225540|gb|FC401474.1|FC401474
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|37850547|gb|BJ608555.1|BJ608555
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|19777686|gb|BQ039216.1|BQ039216
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162267714|gb|FC443704.1|FC443704
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162211579|gb|FC387659.1|FC387659
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162246566|gb|FC419998.1|FC419998
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|37826097|gb|BJ584109.1|BJ584109
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162230250|gb|FC406606.1|FC406606
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162190516|gb|FC365738.1|FC365738
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162276037|gb|FC452313.1|FC452313
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|37848901|gb|BJ606909.1|BJ606909
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|18337359|gb|BJ169383.1|BJ169383
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162214976|gb|FC391264.1|FC391264
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|37831346|gb|BJ589358.1|BJ589358
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|208375302|gb|DC945029.1|DC945029
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|162240945|gb|FC415224.1|FC415224
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
EST: gi|37837864|gb|BJ595872.1|BJ595872
EST:     CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGG                         AGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT
genomic: CTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 129

CAAAACTGGGGTGTACAAGCACCTGTATGGTGGATACATCGGAGGTCATGCTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggag ... gaccatgcagAGCATGGTGAACTCTTGGAACACGAACTGGGGAGAGGATGGCACCTTCCGTATTTTGCGAGGAAAAGACGAGTGTGGCATTGAAAGCAATGCCGTGGCTG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAAAACTGGGGTGTACAAGCACCTGTATGGTGGATACATCGGAGGTCATGCTGTTAAGCTGGTTGGTTGGGGAACCACAGATGATGGCGTGGACTATTGGgtaagtggagttcattggcttttacatgtattgacattagtgcaatagccttggtctaggcatgtatgagttctgttgattacttgctgtgattaacatcttcctgaccatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG