Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAGCCCTAGTGATATGATGGATGGGCGTGTAGGTGCCATCCGAAATGCCCTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttcttttctgtcttttgtaacgttccttctggtgtggatatcatcttgtgaaaatccctgtgctacttcgcctggtaattggaaagtcgagta...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S450_21V6.2
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208357191|gb|DC926538.1|DC926538
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|162234870|gb|FC410643.1|FC410643
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTATGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCNATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|162218487|gb|FC395064.1|FC395064
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTATGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|208353431|gb|DC918487.1|DC918487
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|162234869|gb|FC410642.1|FC410642
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTATGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|37828958|gb|BJ586970.1|BJ586970
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|162185929|gb|FC361029.1|FC361029
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTATGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|37852710|gb|BJ610718.1|BJ610718
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|162268622|gb|FC443676.1|FC443676
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|162232564|gb|FC408400.1|FC408400
EST:     TATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTATGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: TATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|162227018|gb|FC403362.1|FC403362
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCCA                         ATATGCAAGTGCCTTTTATGGGCCCTTC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTC
EST: gi|162184165|gb|FC359639.1|FC359639
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTATGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|162176322|gb|FC353507.1|FC353507
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTATGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|208397366|gb|DC916320.1|DC916320
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|37827165|gb|BJ585177.1|BJ585177
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|37822149|gb|BJ580215.1|BJ580215
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|208380828|gb|DC923310.1|DC923310
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|67727441|gb|BJ977700.1|BJ977700
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|162265940|gb|FC442943.1|FC442943
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|208388243|gb|DC945575.1|DC945575
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|162232563|gb|FC408399.1|FC408399
EST:     TATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTATGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: TATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|37821562|gb|BJ579628.1|BJ579628
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
EST: gi|162227004|gb|FC403361.1|FC403361
EST:     CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAA                         ATATGCAAGTGCCTTTTATGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC
genomic: CTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 24 (upstream exon), 13 (downstream exon)
Score: 3

TCAGCCCTAGTGATATGATGGATGGGCGTGTAGGTGCCATCCGAAATGCCCTCGATTTAGCAGGATACCACGATGTTTCAATTATGGCTTATACAGCCAAgtaagagttc ... gttggtgcagATATGCAAGTGCCTTTTACGGGCCCTTCAGAGAAGCACTGGACTCCAATCCCCGTTTTGGTGACAAGAAGAC




<











<


<