1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
ACCTCGGAGTTTTAGTTGGGAAGGGCGGGCTTCATGGAAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcctcattcccattctctgcttgtgttcaatgtagtatttttgttcaaactacctctacatcccaaaagcggtatttacatgaacaactgcatt...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S32_198V6.1 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGCEST: gi|162186136|gb|FC361340.1|FC361340
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGCEST: gi|162234389|gb|FC410135.1|FC410135
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGCEST: gi|37844993|gb|BJ603001.1|BJ603001
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGCEST: gi|208398602|gb|DC916123.1|DC916123
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGCEST: gi|37823581|gb|BJ581647.1|BJ581647
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGCEST: gi|162183482|gb|FC358774.1|FC358774
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGCEST: gi|37848881|gb|BJ606889.1|BJ606889
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGCEST: gi|37828828|gb|BJ586840.1|BJ586840
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGCEST: gi|67700022|gb|BJ960255.1|BJ960255
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
EST: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAG ACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
genomic: AAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcct ... tgtcatgcagACTTTTTGGTGGATGCCATGGACCACGTCATGTCCAAGCTTTGAACGGAGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACCTCGGAGTTTTAGTTGGGAAGGGCGGGCTTCATGGAAATGTCTTTAGAATCAAGCCTCCTATGTGTTTCTCAATGGAAGATGCAGgtgtgttcctcattcccattctctgcttgtgttcaatgtagtatttttgttcaaactacctctacatcccaaaagcggtatttacatgaacaactgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG