Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTTGGGAGGGACTTGCTGAGCGGGTAGGGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAGgtatgatacataagttcttgtcgtttgtgcatctgtttgccattaattgcacttgtattgttgtgcacgctatggttctgtgtctcagagatcgaccccattgtctttctggcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S32_182V6.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162268251|gb|FC444540.1|FC444540
EST:     GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAG                         GTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
genomic: GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAGgtatgataca ... tttctggcagGTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
EST: gi|162152941|gb|FC329243.1|FC329243
EST:     GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAG                         GTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
genomic: GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAGgtatgataca ... tttctggcagGTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
EST: gi|162172189|gb|FC348754.1|FC348754
EST:     GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAG                         GTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
genomic: GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAGgtatgataca ... tttctggcagGTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
EST: gi|162156021|gb|FC332188.1|FC332188
EST:     GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAG                         GTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
genomic: GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAGgtatgataca ... tttctggcagGTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
EST: gi|162163641|gb|FC340266.1|FC340266
EST:     GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAG                         GTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
genomic: GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAGgtatgataca ... tttctggcagGTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
EST: gi|162197334|gb|FC372296.1|FC372296
EST:     GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAG                         GTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
genomic: GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAGgtatgataca ... tttctggcagGTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
EST: gi|162151213|gb|FC327693.1|FC327693
EST:     GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAG                         GTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
genomic: GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAGgtatgataca ... tttctggcagGTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
EST: gi|162164955|gb|FC342146.1|FC342146
EST:     GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAG                         GTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
genomic: GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAGgtatgataca ... tttctggcagGTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
EST: gi|162173783|gb|FC349959.1|FC349959
EST:     GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAG                         GTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG
genomic: GGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAGgtatgataca ... tttctggcagGTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 25 (upstream exon), 33 (downstream exon)
Score: 16

CTTTGGGAGGGACTTGCTGAGCGGGTAGGGAATGTTATGAAAGAGTTTCCAACTTTGAGTTTGACACATGGCCGGAAGgtatgataca ... tttctggcagGTTTTGGAGGTTCGACCCTCTATTGAATGGGATAAGGGTAAAGCTGTGGAGTTTCTGCTTAAGTCTCTTG




<











<


<