Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTACCCAGAAGACCGTGGACGGTCCATCTGGAAAGGACTGGCGTGGAGGACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgctcattatttggaccctggtggttagatgggactgctgtaagttgtgaatggagttgtctgtaaagtctgaacataggcctgatcccaattttcgtgactcgggattttcatgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S309_73V6.2
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S309_73V6.3 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G104632_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
CTACCCAGAAGACCGTGGACGGTCCATCTGGAAAGGACTGGCGTGGAGGACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgta-ctgtgctcattatttggaccctggt--ggttagatgggactgctgtaagttgtgaatggagttgtctgtaaagtctgaacataggcctgatcccaattttcgtgactcgggattttcatgcag
|||||||||||||||| || ||||| ||    ||||| ||| | ||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||| ||||| || || |||||| |||    ||  |     ||| || |  | |||||    | |  || |  |  ||  |  | ||   ||| |                                                    
CTACCCAGAAGACCGTCGATGGTCCTTCGATGAAGGATTGGAGAGGAGGACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaagccaa-aggcacaccatgtttagtttagactcaaattttgcacttactggtttcactttattgtcag---------------------------------------------------

upper sequence: PP1S309_73V6.3 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G051004_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
CTACCCAGAAGACCGTGGACGGTCCATCTGGAAAGGACTGGCGTGGAGGACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgta-ctgtgctcattatttggaccctg-gtggtt-agatgggactgctgtaagttgtgaatggagttgtctgtaaagtctgaacataggcctgatcccaattttcgtgactcgggattttcatgcag
| |||||||||||||| || ||||| ||    ||||| ||| | ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||| |||    ||  |     ||| || ||  || |||    | |  || |     ||| |  | ||   ||| |                                                    
CCACCCAGAAGACCGTTGATGGTCCTTCAATGAAGGATTGGAGAGGAGGACGTGGTGCTGGCCAAAACATAATTCCTAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaagccaa-aggcacaccatgcgtattttagactcaaattttgcactgactgatttcactttgttgtcag---------------------------------------------------

upper sequence: PP1S309_73V6.3 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 7
lower sequence: EFJ32914 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 9
CTACCCAGAAGACCGTGGACGGTCCATCTGGAAAGGACTGGCGTGGAGGACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgctcattatttggaccctggtggttagatgggactgctgtaagttgtgaatggagttgtctgtaaagtctgaacataggcctgatcccaattttcgtgactcgggattttcatgcag
| || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||| || || |||||||| || ||||| || |||| || || ||| ||   |||||| ||             | || | |   ||    |                                                                   
CAACTCAGAAAACTGTGGATGGTCCCTCTGGAAAGGATTGGCGAGGCGGACGAGGTGCCGGCCAGAATATCATCCCCAGCTCTACCGGAGCAGCAAAGgcac-gt-ctcttttaatggaccatgtccaaagtcactaaatgttttcgttttctcag------------------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S309_73V6.3 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 7
lower sequence: EFJ15779 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 7
CTACCCAGAAGACCGTGGACGGTCCATCTGGAAAGGACTGGCGTGGAGGACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgctcattatttggaccctggtggttagatgggactgctgtaagttgtgaatggagttgtctgtaaagtctgaacataggcctgatcccaattttcgtgactcgggattttcatgcag
  || ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||| || || |||||||| || ||||| || |||| || || ||| ||   |||||| ||             | || | |   ||    |                                                                   
--ACTCAGAAAACTGTGGATGGTCCCTCTGGAAAGGATTGGCGAGGCGGACGAGGTGCCGGCCAGAATATCATCCCCAGCTCTACCGGAGCAGCAAAGGCAC-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208386569|gb|DC952764.1|DC952764
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACANTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGC-
EST: gi|15590664|gb|BI675280.1|BI675280
EST:     AGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: AGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|18337239|gb|BJ169263.1|BJ169263
EST:     AGCTCAACTGNAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: AGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67727324|gb|BJ977583.1|BJ977583
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208374872|gb|DC956145.1|DC956145
EST:     CTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: CTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67727955|gb|BJ978214.1|BJ978214
EST:     CCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GNCTGTGGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGG
genomic: CCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagG-CTGT-GGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGG
EST: gi|208389192|gb|DC945768.1|DC945768
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67720368|gb|BJ970627.1|BJ970627
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCCCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208369274|gb|DC956065.1|DC956065
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67727959|gb|BJ978218.1|BJ978218
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|162152341|gb|FC328528.1|FC328528
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208367067|gb|DC947801.1|DC947801
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGNACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGNCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGC
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGG-CAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGC
EST: gi|208373126|gb|DC948891.1|DC948891
EST:     AACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGNCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: AACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67723914|gb|BJ974173.1|BJ974173
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACANTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208371298|gb|DC944462.1|DC944462
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAAC-NGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|37821494|gb|BJ579560.1|BJ579560
EST:     TCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: TCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67725323|gb|BJ975582.1|BJ975582
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67725153|gb|BJ975412.1|BJ975412
EST:     CTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: CTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67726807|gb|BJ977066.1|BJ977066
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|37851285|gb|BJ609293.1|BJ609293
EST:     AGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: AGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67725858|gb|BJ976117.1|BJ976117
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208388488|gb|DC957070.1|DC957070
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208394113|gb|DC957194.1|DC957194
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|162268831|gb|FC445679.1|FC445679
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67726975|gb|BJ977234.1|BJ977234
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208351393|gb|DC921754.1|DC921754
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAGGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|162278138|gb|FC454373.1|FC454373
EST:     ACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: ACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208367555|gb|DC955702.1|DC955702
EST:     GACGT-GTGCTGGACAGAACANTA-TCCCAGCTCAAC-NGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|208389399|gb|DC953237.1|DC953237
EST:     GACGTGGTGCTNGACAGAACANTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67694183|gb|BJ954416.1|BJ954416
EST:     CTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: CTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
EST: gi|67724801|gb|BJ975060.1|BJ975060
EST:     GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAG                         GCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT
genomic: GACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgct ... tttcatgcagGCTGTGGGCAAGGTACTGCCAGAATTGAATGGGAAGCTCACTGGTATGGCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTACCCAGAAGACCGTGGACGGTCCATCTGGAAAGGACTGGCGTGGAGGACGTGGTGCTGGACAGAACATTATTCCCAGCTCAACTGGAGCTGCGAAGgtactgtgctcattatttggaccctggtggttagatgggactgctgtaagttgtgaatggagttgtctgtaaagtctgaacataggcctgatcccaattttcgtgactcgggattttcatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC