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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTCGAAAACATCTACAAGCTTTCAGGAGTTCCCGTGGTGACAGTGCAGCTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgattggcagggtagaatttcatgtgtgagacaattttaagattctgtatctggacgccgtaatttagcgattcgtcatagtaacttgtgcgtgagctctagacatgggcttttagtgtcaacaatggtaatcactgccaccctgactaggtttgattgttcttttggtgtgaggtgacgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S277_10V6.3
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162192890|gb|FC369884.1|FC369884
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162230034|gb|FC405974.1|FC405974
EST:     GGTTACTGAAATGCAGGA-TTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: GGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|37847706|gb|BJ605714.1|BJ605714
EST:     TGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGGATTTGGAATNTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATTTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: TGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCA-GGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162150291|gb|FC326376.1|FC326376
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162174878|gb|FC351670.1|FC351670
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162267925|gb|FC444006.1|FC444006
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|37852887|gb|BJ610895.1|BJ610895
EST:     TGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTNCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACG
genomic: TGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTT-CAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACG
EST: gi|208356633|gb|DC922423.1|DC922423
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162225911|gb|FC400955.1|FC400955
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162155412|gb|FC332026.1|FC332026
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|208349557|gb|DC921989.1|DC921989
EST:     AATGCAGGATTTGGAATCTTCAAG                         GCAGNTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATNTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: AATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162215092|gb|FC391562.1|FC391562
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAAGATTTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162151767|gb|FC328624.1|FC328624
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|208383087|gb|DC919534.1|DC919534
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162241669|gb|FC418652.1|FC418652
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|37850391|gb|BJ608399.1|BJ608399
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|100358217|gb|BY965531.1|BY965531
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162230035|gb|FC405975.1|FC405975
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|19789027|gb|BQ041054.1|BQ041054
EST:     CTGCGATTTAATGGGTGCGTTACTGAAATGCAAGATTTGGAATCTTCAAT                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGAGGTGGATAATCTG
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTG
EST: gi|162262810|gb|FC439255.1|FC439255
EST:     TGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: TGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|208395110|gb|DC923909.1|DC923909
EST:     NTGCGATTTAATGGTT-GGNTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162192889|gb|FC369883.1|FC369883
EST:     GAAATGCAGGATTTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: GAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162241668|gb|FC418651.1|FC418651
EST:     AATGCAGGA-TTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: AATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162167476|gb|FC344193.1|FC344193
EST:     ATTTAATGGTT-GGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: ATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
EST: gi|162188826|gb|FC364840.1|FC364840
EST:     CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAAGCTTCAAG                         GCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC
genomic: CTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 31 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 14

TTTTCGAAAACATCTACAAGCTTTCAGGAGTTCCCGTGGTGACAGTGCAGCTGCGATTTAATGGTTGGGTTACTGAAATGCAGGATTTGGAATCTTCAAGgtattttgat ... ggtgacgcagGCAGCTGCAACGAGCTGCTGGGGTGGATAATCTGCTGTATTCAGCTGACGCTGATTTCTCGTGTTTCGCGGATCTAGCATTGACTTCACCTGAGGACTAC




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