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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGATGTGACCCAAATTGGTGTTACCAGCTTTGAGGGACCCAATGGCACCTTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAAgtaagctccttacagaggctatgcatcgttcaaccgttcctggatgtcttatcaggtcaacgaatgttttatttttgcttctctagctttctaattcagctttgctcattaaagaaaactttaatttttggtgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S168_70V6.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100417708|gb|BY975615.1|BY975615
EST:     TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAA                         GTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTT
genomic: TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAAgtaagctcct ... tttggtgcagGTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTT
EST: gi|162194861|gb|FC370525.1|FC370525
EST:     TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAA                         GTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTT
genomic: TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAAgtaagctcct ... tttggtgcagGTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTT
EST: gi|162223684|gb|FC399457.1|FC399457
EST:     TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAA                         GTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTT
genomic: TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAAgtaagctcct ... tttggtgcagGTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTT
EST: gi|100405914|gb|BY991447.1|BY991447
EST:     TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAA                         GTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCANCAA-CCCTAAGT
genomic: TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAAgtaagctcct ... tttggtgcagGTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCA-CAAACCCTAAGT
EST: gi|162162825|gb|FC338087.1|FC338087
EST:     TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAA                         GTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTT
genomic: TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAAgtaagctcct ... tttggtgcagGTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTT
EST: gi|162193559|gb|FC370462.1|FC370462
EST:     TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAA                         GTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTT
genomic: TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAAgtaagctcct ... tttggtgcagGTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTT
EST: gi|208384123|gb|DC911259.1|DC911259
EST:     TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAA                         GTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAA-CCCTAANTT
genomic: TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAAgtaagctcct ... tttggtgcagGTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTT
EST: gi|162164264|gb|FC342079.1|FC342079
EST:     TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAA                         GTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTT
genomic: TTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAAgtaagctcct ... tttggtgcagGTCTATTTTTGACTTCACAGCAATCAAGGATTTGATCACAAACCCTAAGTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TTGATGTGACCCAAATTGGTGTTACCAGCTTTGAGGGACCCAATGGCACCTTTGACGTGGAAGTGTTCGATTCAACTGAGGATTATGTTAAATTGATGAAgtaagctccttacagaggctatgcatcgttcaaccgttcctggatgtcttatcaggtcaacgaatgttttatttttgcttctctagctttctaattcagctttgctcattaaagaaaactttaatttttggtgcag

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