Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGTTCGCCCGTCTAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaatgatggaggtggtggtggagccaccagatttttgtttgttctcgtgctttggtggcgaacgagcagtcgtgggtggttgggttgattgaaaactgagcgatgtggatttgacgtgtgatgtaacag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S167_1V6.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37836027|gb|BJ594035.1|BJ594035
EST:     TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|67727151|gb|BJ977410.1|BJ977410
EST:     TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|162260908|gb|FC437965.1|FC437965
EST:     TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|162239319|gb|FC415405.1|FC415405
EST:     TAAGTGCAGTGTACGGAGGGACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAGG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAG
EST: gi|67695406|gb|BJ955639.1|BJ955639
EST:     TGAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|18338354|gb|BJ170378.1|BJ170378
EST:     AAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: AAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|162183902|gb|FC360208.1|FC360208
EST:     TGAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|162182856|gb|FC359772.1|FC359772
EST:     TGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|162182855|gb|FC359771.1|FC359771
EST:     GTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: GTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|162167540|gb|FC343711.1|FC343711
EST:     AAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: AAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|208365337|gb|DC950780.1|DC950780
EST:     CCGGAGTGCNAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGNTCAAGTGATGGGAGNTACATCTGAGGGTGA
genomic: CCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGG-TCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGA
EST: gi|162198833|gb|FC374316.1|FC374316
EST:     TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|162249711|gb|FC426825.1|FC426825
EST:     TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|162167541|gb|FC343712.1|FC343712
EST:     TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|67726787|gb|BJ977046.1|BJ977046
EST:     TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|208399434|gb|DC924864.1|DC924864
EST:     GTGCAGTGTANGGAGGAACNTACATGCNTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: GTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|162194880|gb|FC368997.1|FC368997
EST:     TGAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|37852478|gb|BJ610486.1|BJ610486
EST:     CCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: CCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|208364369|gb|DC950670.1|DC950670
EST:     TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|162239318|gb|FC415404.1|FC415404
EST:     TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATNTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|162179697|gb|FC355755.1|FC355755
EST:     TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|162202239|gb|FC378095.1|FC378095
EST:     AGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATNTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: AGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|67700068|gb|BJ960301.1|BJ960301
EST:     TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
EST: gi|208370153|gb|DC951752.1|DC951752
EST:     TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAG                         GTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG
genomic: TAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 39

GGGTTCGCCCGTCTAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaat ... gatgtaacagGTCGAATTTGATGAGATGGGTCAAGTGATGGGAGTTACATCTGAGGGTGAGACGGCAAAGGCTAAGAAAGTCGTGTGCGACCCGTCATACCTGCCGAATA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGGTTCGCCCGTCTAAGTGCAGTGTACGGAGGAACTTACATGCTTGCCAAACCGGAGTGCAAGgtacaagaatgatggaggtggtggtggagccaccagatttttgtttgttctcgtgctttggtggcgaacgagcagtcgtgggtggttgggttgattgaaaactgagcgatgtggatttgacgtgtgatgtaacag

- - - - - - - - - - - - -  GGAGGA