Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGCGCTGAGATTGTGAGGCGGGCCTTGTGTTACCCTTTGAAATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgccttagtgcactgttttagttttgactgcaaacatgcacgtggtgataggatttgtatatctaaccatttaggatgtggcaacgggaagtctggtcgtttaatcagttgaggttacgtgctcatcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S14_298V6.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S14_298V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA08G18760.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
GTTGGCGCTGAGATTGTGAGGCGGGCCTTGTGTTACCCTTTGAAATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgt-tggtgccttagt----gcactgttttagttttgactgcaaacatgcacgtggtgataggatttgtatatctaaccatttaggatgtggcaacgggaagtctggtcgtttaatcagttgaggttacgtgctcatcag
||||| ||||| |||||||   | ||  |  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || || || ||   ||||||||| |   |  |||||    | |   |||   ||||  || | | | ||   ||| ||||  || |||| | | |||  |                                                            
GTTGGAGCTGATATTGTGAAAAGAGCTCTTAGTTACCCTTTGAAATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggtttagtctatgtagaatttctcttttctctacgagcgtggttgtgatgatgtgacttgtgt-tgtaattag-----------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S14_298V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA08G18760.3 (Glycine max), 5'ss of exon 11
GTTGGCGCTGAGATTGTGAGGCGGGCCTTGTGTTACCCTTTGAAATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgt-tggtgccttagt----gcactgttttagttttgactgcaaacatgcacgtggtgataggatttgtatatctaaccatttaggatgtggcaacgggaagtctggtcgtttaatcagttgaggttacgtgctcatcag
       |||| |||||||   | ||  |  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || || || ||   ||||||||| |   |  |||||    | |   |||   ||||  || | | | ||   ||| ||||  || |||| | | |||  |                                                            
-------CTGATATTGTGAAAAGAGCTCTTAGTTACCCTTTGAAATTAATTGCCAAGAATGCTGGTGTCAATGGTAGTGTTGTCAGTGAGAAGgtatcaaggtttagtctatgtagaatttctcttttctctacgagcgtggttgtgatgatgtgacttgtgt-tgtaattag-----------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S14_298V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT3G13470.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 12
GTTGGCGCTGAGATTGTGAGGCGGGCCTTGTGTTACCCTTTGAAATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgc---cttagtgcactgttttagttttgactgcaaacatgcacgtggtgataggatttgtatatctaaccatttaggatgtggcaacgggaagtctggtcgtttaatcagttgaggttacgtgctcatcag
||||| || || ||||| |   | ||  || |||||||| |||||||||| || |||||||||||||| || ||||| || ||    |||||||||    |    | ||  ||    |     ||   ||    |  | |    | || |   |    | ||| ||   |||   |                                                      
GTTGGAGCGGAAATTGTTAAAAGAGCACTGAGTTACCCTCTGAAATTGATAGCTAAGAATGCTGGTGTTAATGGAAGTGTTGTCAGCGAGAAGgttataacaacataagaacatccatgcttattcagctcttgatctacgtaagttgcttaaaaagctgtatttatttattgcag------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S14_298V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 8
lower sequence: EFJ16507 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 11
GTTGGCGCTGAGATTGTGAGGCGGGCCTTGTGTTACCCTTTGAAATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgccttagtgcactgttttagttttgactgcaaacatgcacgtggtgataggatttgtatatctaaccatttaggatgtggcaacgggaagtctggtcgtttaatcagttgaggttacgtgctcatcag
 ||||||| || ||||| | ||| |||||| | |||||  | ||| | |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || ||||||||      |   |   |||| |  |  |  | |  || |||| |     || |  |||  |                                                                      
ATTGGCGCAGACATTGTCAAGCGCGCCTTGGGCTACCCGATCAAACTCATCGCCAAGAATGCAGGAGTGAACGGGAGCGTGGTCGTCGAAAAGgttggc-----aaaacttcgtttca--tgcgcttaccgacttgcatgc----atggattttccag---------------------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162191543|gb|FC368469.1|FC368469
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162162748|gb|FC337802.1|FC337802
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162173846|gb|FC349438.1|FC349438
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTT
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162274031|gb|FC450378.1|FC450378
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTTGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTT
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|18333501|gb|BJ165516.1|BJ165516
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162248294|gb|FC422548.1|FC422548
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162153950|gb|FC329457.1|FC329457
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162158908|gb|FC334794.1|FC334794
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162176836|gb|FC353344.1|FC353344
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162175540|gb|FC350971.1|FC350971
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162187435|gb|FC362657.1|FC362657
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162181645|gb|FC357947.1|FC357947
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|67723761|gb|BJ974020.1|BJ974020
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162156888|gb|FC333042.1|FC333042
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTT
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|67725517|gb|BJ975776.1|BJ975776
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|37844241|gb|BJ602249.1|BJ602249
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162242333|gb|FC416102.1|FC416102
EST:     ACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: ACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|208398728|gb|DC916251.1|DC916251
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|208393744|gb|DC946066.1|DC946066
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162193666|gb|FC371245.1|FC371245
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162162747|gb|FC337801.1|FC337801
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTGGGTTACAATGCCGCTACAGGTGTT
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|208379255|gb|DC927266.1|DC927266
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|208356169|gb|DC918409.1|DC918409
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCACCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162171349|gb|FC346442.1|FC346442
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162170823|gb|FC347437.1|FC347437
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162162984|gb|FC339299.1|FC339299
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|208345188|gb|DC925685.1|DC925685
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162248295|gb|FC422549.1|FC422549
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162195953|gb|FC372150.1|FC372150
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|37840202|gb|BJ598210.1|BJ598210
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162274032|gb|FC450379.1|FC450379
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162176837|gb|FC353345.1|FC353345
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162167159|gb|FC343635.1|FC343635
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162227586|gb|FC403528.1|FC403528
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162158909|gb|FC334795.1|FC334795
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACNATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|37828026|gb|BJ586038.1|BJ586038
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|37833563|gb|BJ591575.1|BJ591575
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162192858|gb|FC370177.1|FC370177
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|37831121|gb|BJ589133.1|BJ589133
EST:     TCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: TCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162156889|gb|FC333043.1|FC333043
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|208362988|gb|DC957957.1|DC957957
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|37846332|gb|BJ604340.1|BJ604340
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162192859|gb|FC370178.1|FC370178
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162255392|gb|FC431806.1|FC431806
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162255991|gb|FC431755.1|FC431755
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162253682|gb|FC430420.1|FC430420
EST:     GCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: GCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|162157417|gb|FC333194.1|FC333194
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
EST: gi|208370457|gb|DC952160.1|DC952160
EST:     AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAG                         GTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC
genomic: AATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 16

GTTGGCGCTGAGATTGTGAGGCGGGCCTTGTGTTACCCTTTGAAATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgcct ... tgctcatcagGTGTTGGCGAATAGCAACCCATCCTTCGGCTACAATGCCGCTACAGGTGTCTACGAGGACCTCATGGCTGCTGGTATCATCGACCCTACCAAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTGGCGCTGAGATTGTGAGGCGGGCCTTGTGTTACCCTTTGAAATTGATCGCCAAGAATGCTGGTGTGAACGGAAGCGTGGTGGTTGAGAAGgttggtgccttagtgcactgttttagttttgactgcaaacatgcacgtggtgataggatttgtatatctaaccatttaggatgtggcaacgggaagtctggtcgtttaatcagttgaggttacgtgctcatcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG