Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATCGAATCCCTGTGGACGGTGTAGTCAAGTCCGGAAAGAGCACTGTGGATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGGgtatcaatcgtgaagcctctttctcaaggagtgtacttcttttgagatctatgcctgctgcttgctttgaagagtgtaattgatactctcctttctgaga...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S121_53V6.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162234164|gb|FC410768.1|FC410768
EST:     ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGG                         GATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
genomic: ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGGgtatcaatcg ... tatgcggcagGATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
EST: gi|162168676|gb|FC343938.1|FC343938
EST:     ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGG                         GATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
genomic: ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGGgtatcaatcg ... tatgcggcagGATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
EST: gi|162256487|gb|FC432518.1|FC432518
EST:     ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGG                         GATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
genomic: ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGGgtatcaatcg ... tatgcggcagGATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
EST: gi|162177316|gb|FC353473.1|FC353473
EST:     GGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGG                         GATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
genomic: GGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGGgtatcaatcg ... tatgcggcagGATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
EST: gi|162178440|gb|FC354164.1|FC354164
EST:     ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGG                         GATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
genomic: ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGGgtatcaatcg ... tatgcggcagGATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
EST: gi|162196153|gb|FC373494.1|FC373494
EST:     ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGG                         GATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
genomic: ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGGgtatcaatcg ... tatgcggcagGATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
EST: gi|162154985|gb|FC331403.1|FC331403
EST:     ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGG                         GATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
genomic: ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGGgtatcaatcg ... tatgcggcagGATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
EST: gi|162164775|gb|FC341316.1|FC341316
EST:     ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGG                         GATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
genomic: ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGGgtatcaatcg ... tatgcggcagGATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
EST: gi|162179692|gb|FC355750.1|FC355750
EST:     ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGG                         GATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA
genomic: ATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGGgtatcaatcg ... tatgcggcagGATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 21 (upstream exon), 21 (downstream exon)
Score: 4

GATCGAATCCCTGTGGACGGTGTAGTCAAGTCCGGAAAGAGCACTGTGGATGAGTCCAGCCTTACGGGAGAGCCCTTGGCTGTCCTGAAACAATCTGGGgtatcaatcg ... tatgcggcagGATGAAGTCACAGCTGGAACCGTTAACTACAATGGTACTATGACAGTTGAAGCAATGAGAGCAGGTGGCGATACTGTGATGAGTGATATTATCCGTATGG




<











<


<