Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACCCTCGAGGCTCATCAGAAAGGTGTCAATTGCGTGGAGTATTTCACCGGCGGTGACCGGCCACATTTGATCACAGGATCTGATGATCAAACAGCCAAGgtgtgttgattcgtgtcttattattatctgttttgctgataccgtaggtgcttggttcccttaaagccgtaagcagattcgtagttcactttactagatt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S79_180V6.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S79_180V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G443953_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
TACCCTCGAGGCTCATCAGAAAGGTGTCAATTGCGTGGAGTATTTCACCGGCGGTGACCGGCCACATTTGATCACAGGATCTGATGATCAAACAGCCAAGgtgtgttg-attcgtgtcttattattatctgttttgctgataccgtaggtgcttggttcccttaaagccgtaagcagattcgtagttcactttactagatt
 ||  | || | ||||   |||||||||||||| || || || ||||| || |||||||||||| || | || ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||     ||| | |     ||| | |  |||||  || |   |   || ||||||  ||| ||   |                               
CACATTGGATGGTCATTCAAAAGGTGTCAATTGTGTTGATTACTTCACTGGTGGTGACCGGCCATATCTAATTACAGGCTCTGATGACCAAACTGCAAAGgtatgacatgttcatttgcacatatgagc-attttg--gacattatgactgattggttaacttgaattag-------------------------------