1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
CTCACCCTACGCCCACACGAGCAGAAGTCTCAGACATAGCCATCGCTGTCCGTGAAGGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAAgtaagcgcgattaaaccagtgcactatctctcgacagtttttttttctgcttgaagtaaatttttgtgtttcgaatatcgtattactgttgaggacgatc...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S318_21V6.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CGTGAAGGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAA GTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGAEST: gi|18339668|gb|BJ171695.1|BJ171695
genomic: CGTGAAGGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAAgtaagcgcga ... atgtgttcagGTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGA
EST: TTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAA GTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGAEST: gi|162223832|gb|FC400086.1|FC400086
genomic: TTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAAgtaagcgcga ... atgtgttcagGTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGA
EST: GTGAAGGTGCGGATGCAATTATGC-TTCAGGGGGAAACCGCTCATGAAAA GTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGAEST: gi|208351340|gb|DC922091.1|DC922091
genomic: GTGAAGGTGCGGATGCAATTATGCTTTCA-GGGGAAACCGCTCATGGAAAgtaagcgcga ... atgtgttcagGTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGA
EST: CGTGAAGGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAANCCGCTCATGGAAA GTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGAEST: gi|162173132|gb|FC348705.1|FC348705
genomic: CGTGAAGGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAAgtaagcgcga ... atgtgttcagGTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGA
EST: CGTGAAGGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAA GTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGAEST: gi|208348104|gb|DC916914.1|DC916914
genomic: CGTGAAGGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAAgtaagcgcga ... atgtgttcagGTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGA
EST: CGTGAAGGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAA GTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGAEST: gi|162155346|gb|FC331245.1|FC331245
genomic: CGTGAAGGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAAgtaagcgcga ... atgtgttcagGTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGA
EST: CGTGAAGGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAA GTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGAEST: gi|162202021|gb|FC377227.1|FC377227
genomic: CGTGAAGGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAAgtaagcgcga ... atgtgttcagGTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGA
EST: GGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAA GTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGA
genomic: GGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAAgtaagcgcga ... atgtgttcagGTATCCTTTGAAAGCTGTGCGAGTGATGCACACTGTGGCCATGCGCACAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTCACCCTACGCCCACACGAGCAGAAGTCTCAGACATAGCCATCGCTGTCCGTGAAGGTGCGGATGCAATTATGCTTTCAGGGGAAACCGCTCATGGAAAgtaagcgcgattaaaccagtgcactatctctcgacagtttttttttctgcttgaagtaaatttttgtgtttcgaatatcgtattactgttgaggacgatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA