1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
AGAAGAAAGCAAAAGAGGGTGACTCTATGGTAGAGGAACCGGCTCCCGACGTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAGgtttgtcttcgagttagatttttatgtaatacattctttgctggatattgtgcagctgtgtcataatgttgaatggattgtcaattgtacgctagtttcatctatgaatgcgatgttttgcagacattgattgctatgcatttaggaattttcgatgatatgcagtaattaagggatgttgatctgtgcag
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S58_256V6.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAG GTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTGEST: gi|37823682|gb|BJ581748.1|BJ581748
genomic: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAGgtttgtcttc ... atctgtgcagGTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTG
EST: GCTTATGATTAG GTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTGEST: gi|162157314|gb|FC333143.1|FC333143
genomic: GCTTATGATTAGgtttgtcttc ... atctgtgcagGTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTG
EST: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAG GTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTGEST: gi|208367351|gb|DC939867.1|DC939867
genomic: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAGgtttgtcttc ... atctgtgcagGTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTG
EST: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAG GTACAACGCACACAACCACGAATACTTGGAAEST: gi|162226295|gb|FC403003.1|FC403003
genomic: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAGgtttgtcttc ... atctgtgcagGTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAA
EST: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAG GTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTGEST: gi|100385804|gb|BY950998.1|BY950998
genomic: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAGgtttgtcttc ... atctgtgcagGTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTG
EST: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGAATTACTATGAGCTTATGATTAG GTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTGEST: gi|162225703|gb|FC401845.1|FC401845
genomic: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAGgtttgtcttc ... atctgtgcagGTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTG
EST: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAG GTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTGEST: gi|162269559|gb|FC445115.1|FC445115
genomic: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAGgtttgtcttc ... atctgtgcagGTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTG
EST: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAG GTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTG
genomic: GTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAGgtttgtcttc ... atctgtgcagGTACAACGCACACAACCATGAATACTTGGAAATGTGTCGGAGCTATCAGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGAAGAAAGCAAAAGAGGGTGACTCTATGGTAGAGGAACCGGCTCCCGACGTGCCAACACTATCTGAATTGAGGCGGATTTACTATGAGCTTATGATTAGgtttgtcttcgagttagatttttatgtaatacattctttgctggatattgtgcagctgtgtcataatgttgaatggattgtcaattgtacgctagtttcatctatgaatgcgatgttttgcagacattgattgctatgcatttaggaattttcgatgatatgcagtaattaagggatgttgatctgtgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT