Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTCTATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatgaatgcttttcctttctcaacagatcgttcagatgccttttgccttgtctttctgtgcagtcagtctctgttgtcaagaattctctcttaagtctttgttggtctgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S39_347V6.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S39_347V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT3G26340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
TTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTCTATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatgaatgctt--ttcctttctcaacagatcgttcagatgccttttgccttgtctttctgtgcagtcagtctctgttgtcaagaattctctcttaagtctttgttggtctgcag
|  || |  ||||||||  | || |||||   |||| | ||  |  | || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || | ||| |||||   || ||| |||  ||| | |  ||| | ||| |               |||||  | || | |  | |   | |||  | ||     || |||||| ||| | | | || |   
TACAAATTCGATATGTCGGTTGAAGAAGCCTCAGAGTTAGCAAGGAGATCCATCTACCATGCTACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtaaa-gatcaatccttacttcttctgccaatacatcatc------------atcttgtgatccttttcctttaaattttgtattaaa-----ctttcttaaatctgtat-gatcag---

upper sequence: PP1S39_347V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT1G13060.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
TTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTCTATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaat--gaatgcttttcctttctcaacagatcgttcagatgccttttgccttgtctttctgtgcagtcagtctctgttgtcaagaattctctcttaagtctttgttggtctgcag
|  || |  ||||||||  | || |||||    ||| | ||  |  | || || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || | ||| ||| || |||  |||||| | |    |   ||   |   || |  |  |      ||  | |  ||    |||  || ||| || |||      |                          
TACAAATATGATATGTCAGTTGAAGAAGCTTCCGAGTTAGCAAGGAGATCAATCTACCATGCGACATTCCGTGATGGAGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgttagtaatctgaatgcatctgtggttcaaatgtaatatttaactttcaagattctgatttagctcataagtttgt-tctcttctcatatgaccag------------------------

upper sequence: PP1S39_347V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
TTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTCTATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatgaatgcttttcctttctcaacagatcgttcagatgccttttgccttgtctttctgtgcagtcagtctctgttgtcaagaattctctcttaagtctttgttggtctgcag
|     |  ||||||||| | || ||||| |  ||  | ||| | || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||       ||| | ||||  |   | || |  || ||||      ||  ||     |  | | || |||   |   | ||   | | | ||| ||   |  | |  | ||||   | | ||  |    ||
TACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATCTATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGG-------AGTTGCAAGCGgtacttactctctctctctc------tctctctctctctctctcccatgtggatacataca---aatgtatgtagttgtgtttacggt-ttaaacatgtattttttgttag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208375166|gb|DC945316.1|DC945316
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|7067446|gb|AW497301.1|AW497301
EST:     TATTTAC-ATGCGACTTTCCG-GATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGCTGCGTGGAAGAA
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAA
EST: gi|7286872|gb|AW599359.1|AW599359
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGANAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|67697970|gb|BJ958203.1|BJ958203
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|67727381|gb|BJ977640.1|BJ977640
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|208365548|gb|DC954789.1|DC954789
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|67693026|gb|BJ953259.1|BJ953259
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|15320288|gb|BI488085.1|BI488085
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|162182672|gb|FC360342.1|FC360342
EST:     TATTTCCCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|7583925|gb|AW699826.1|AW699826
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCATGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|7148045|gb|AW509967.1|AW509967
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTC
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTC
EST: gi|67721077|gb|BJ971336.1|BJ971336
EST:     ATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: ATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|208395764|gb|DC924230.1|DC924230
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|67726029|gb|BJ976288.1|BJ976288
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|15320057|gb|BI487506.1|BI487506
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|208368061|gb|DC947621.1|DC947621
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|18336151|gb|BJ168173.1|BJ168173
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|208350967|gb|DC925972.1|DC925972
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|22492653|gb|BU052576.1|BU052576
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|22131737|gb|BQ826774.1|BQ826774
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
EST: gi|208359388|gb|DC954241.1|DC954241
EST:     TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTG                         TTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG
genomic: TATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatg ... tggtctgcagTTTATTATGTCGGACCGGGTGGGTGGAAGAAAATGTCAGGTGACGATGTCG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTTAACTGGGATATGTCTATCGACGAAGCAGTAGAGCTTGCTCGTCGTTCTATTTACCATGCGACTTTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGTGTAGTTAGTGgtaagcaatgaatgcttttcctttctcaacagatcgttcagatgccttttgccttgtctttctgtgcagtcagtctctgttgtcaagaattctctcttaagtctttgttggtctgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG