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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCCTAACCGAAGCTCTGTGCGGTTTCCAATTCCCCCTTACACATCTTGACGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtatatgctcgttatcatctagagttcattgcctttttctattttctactttctctgtatttatgttaactacagttactgataagtcgctagcaagggtgatttgctgaggaagtaccggtaacaaacttgattgttgtgtcttggtgccttcgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S342_16V6.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18339301|gb|BJ171328.1|BJ171328
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162150828|gb|FC327100.1|FC327100
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162219006|gb|FC395199.1|FC395199
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCCCATTATCAAAGATCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162279815|gb|FC455099.1|FC455099
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162189946|gb|FC365610.1|FC365610
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|37839569|gb|BJ597577.1|BJ597577
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|37840753|gb|BJ598761.1|BJ598761
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162219007|gb|FC395200.1|FC395200
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGATCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|67694241|gb|BJ954474.1|BJ954474
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162191909|gb|FC366914.1|FC366914
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|37834662|gb|BJ592674.1|BJ592674
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162185739|gb|FC362087.1|FC362087
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162152417|gb|FC327980.1|FC327980
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|18340638|gb|BJ172666.1|BJ172666
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162189947|gb|FC365611.1|FC365611
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGA
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGA
EST: gi|162177365|gb|FC352898.1|FC352898
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162165963|gb|FC341794.1|FC341794
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|15262153|gb|BI437463.1|BI437463
EST:     AATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: AATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|19790827|gb|BQ042076.1|BQ042076
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|208381223|gb|DC919914.1|DC919914
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGAAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|208393485|gb|DC949647.1|DC949647
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162279814|gb|FC455098.1|FC455098
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162152418|gb|FC327981.1|FC327981
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162162053|gb|FC338844.1|FC338844
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|7207505|gb|AW561505.1|AW561505
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACTATGGTATGCCACATTATCAAAGA
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGA
EST: gi|162191908|gb|FC366913.1|FC366913
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162195908|gb|FC375641.1|FC375641
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162180207|gb|FC355524.1|FC355524
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|67579061|gb|BJ951212.1|BJ951212
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|37825005|gb|BJ583071.1|BJ583071
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162157608|gb|FC332930.1|FC332930
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162157607|gb|FC332929.1|FC332929
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|208382913|gb|DC928338.1|DC928338
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|208360138|gb|DC950167.1|DC950167
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162242593|gb|FC414984.1|FC414984
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162174101|gb|FC350304.1|FC350304
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|208358989|gb|DC957737.1|DC957737
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
EST: gi|162254102|gb|FC429626.1|FC429626
EST:     CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAG                         GTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT
genomic: CGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 27 (downstream exon)
Score: 16

AGCCTAACCGAAGCTCTGTGCGGTTTCCAATTCCCCCTTACACATCTTGACGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtata ... gccttcgcagGTCAATTTAAGGCTATTAATGACGAGGGTATGCCACATTATCAAAGACCATTCATGAAAGGCAGGTTGTACCTACATTTCTCAGTTGATGTCCCTGAATC




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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGCCTAACCGAAGCTCTGTGCGGTTTCCAATTCCCCCTTACACATCTTGACGGACGACAGCTTCTAATAAAGTCCACCCCTGGAGAGATTATTAAACCAGgtattgtatatgctcgttatcatctagagttcattgcctttttctattttctactttctctgtatttatgttaactacagttactgataagtcgctagcaagggtgatttgctgaggaagtaccggtaacaaacttgattgttgtgtcttggtgccttcgcag

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