1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GTTCTTTTGGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTGgtaagttcgtatatttttattagttttccaagttttttcctgagtgctgtagatgaagaatttgcatcatggtacgcattttgcatccgacaggaacttc...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S226_55V6.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTG GGAATGGCTGCAGGACATGCGTATTTCTTTTTGGAAGATGTATACCCTTTGEST: gi|208375016|gb|DC956412.1|DC956412
genomic: GGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTGgtaagttcgt ... ggctattcagGGAATGGCTGCAGGACATGCGTATTTCTTTTTGGAAGATGTATACCCTTTG
EST: TTTTGGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTG GGAATGGCTGCAGGACATGCGTATTTCTTTTTGGAAGATGTATACCCTTTGEST: gi|162257420|gb|FC433502.1|FC433502
genomic: TTTTGGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTGgtaagttcgt ... ggctattcagGGAATGGCTGCAGGACATGCGTATTTCTTTTTGGAAGATGTATACCCTTTG
EST: TTTTGGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTG GGAATGGCTGCAGGACATGCGTATTTCTTTTTGGAAGATGTATACCCTTTGEST: gi|208388295|gb|DC949295.1|DC949295
genomic: TTTTGGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTGgtaagttcgt ... ggctattcagGGAATGGCTGCAGGACATGCGTATTTCTTTTTGGAAGATGTATACCCTTTG
EST: TTTTGGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTG GGAATGGCTGCAGGACATGCGTATTTCTTTTTGGAAGATGTATACCCTTTGEST: gi|37851348|gb|BJ609356.1|BJ609356
genomic: TTTTGGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTGgtaagttcgt ... ggctattcagGGAATGGCTGCAGGACATGCGTATTTCTTTTTGGAAGATGTATACCCTTTG
EST: TTTTGGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTG GGAATGGCTGCAGGACATGCGTATTTCTTTTTGGAAGATGTATACCCTTTGEST: gi|37826866|gb|BJ584878.1|BJ584878
genomic: TTTTGGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTGgtaagttcgt ... ggctattcagGGAATGGCTGCAGGACATGCGTATTTCTTTTTGGAAGATGTATACCCTTTG
EST: TTTTGGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTG GGAATGGCTGCAGGACATGCGTATTTCTTTTTGGAAGATGTATACCCTTTG
genomic: TTTTGGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTGgtaagttcgt ... ggctattcagGGAATGGCTGCAGGACATGCGTATTTCTTTTTGGAAGATGTATACCCTTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTCTTTTGGGATTTTCAGTTATGGTTGGAAGCAGCCCGTGGGTGGACCTTTTGgtaagttcgtatatttttattagttttccaagttttttcctgagtgctgtagatgaagaatttgcatcatggtacgcattttgcatccgacaggaacttc
- - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA