Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGCTCAAGGAAGGAGCATCAGGCACTGTTGAGGATGTGTTGCAGCCTGGCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactctgcccttgtgaagtgactgaattgcttaagacgtgcaattgcacttgatgtttaagcaatcaccgaacttggatgactaatcgtcaaata...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S1_300V6.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S1_300V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g36270.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TATGCTCAAGGA-AGGAGCATCAGGCACTGTTGAGGATGTGTTGCAGCCTGGCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactctgcccttgtgaagtgactgaattgcttaagacgtgcaat-tgcacttgatgtttaagcaatcaccgaacttggatgactaatcgtcaaata
 ||| | || || | |  || |  | ||| | || |||||  |||| ||||| || |  ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||   |  || | |  ||||   | |      ||| |||  |   |  || |||   |   |||  |  |   |  || | |||||             
CATGATTAAAGACAAGGACAACGTG-ACTTTGGACGATGTACTGCAACCTGGAACAGACATGCTTGCTGCTGGCTACTGCATGTACGGGAGTTCATGCACGgtaa---ccatgtcatc-tgaatccattt--ccccttcagatatatcacatgtactctcttcctaaatagacttggttctggtatgacag-----------

upper sequence: PP1S1_300V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G322953_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
TATGCTCAAGGA-AGGAGCATCAGGCACTGTTGAGGATGTGTTGCAGCCTGGCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactctgcccttgtgaagtgactgaattgcttaagacgtgcaattgcacttgatgtttaagcaatcaccgaacttggatgacta--atcgtcaaata------
 ||| |||| || | |  || |  | ||  | ||||||||| |||||||||| ||    ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||   || |    |  |  |   |||  | |  ||| | |  |      || || |  ||  |    ||    ||||     ||||    |   ||| ||      
CATGGTCAAAGACAAGGACAACGTG-ACCTTGGAGGATGTGCTGCAGCCTGGAACAAACATGCTTGCTGCTGGCTACTGCATGTACGGGAGTTCATGCACGgtaa---ctatctattgctagatccactttagtttttacgccccggccggccaattcac-ttcgactcgtcttataactgtatcgactgccgttaccaactatggcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100396704|gb|BY953785.1|BY953785
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCCTC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCC-TC
EST: gi|100372971|gb|BY949374.1|BY949374
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGNTACTGAGCACAGGTGCAGGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATNCCCT
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGG-TTAATGGATTCACCCTTGAT-CCCT
EST: gi|208376930|gb|DC910792.1|DC910792
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAG
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAG
EST: gi|100385122|gb|BY987585.1|BY987585
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGG
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGG
EST: gi|162278601|gb|FC454999.1|FC454999
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208365212|gb|DC950739.1|DC950739
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTACTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100450318|gb|CJ974203.1|CJ974203
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TGGGTACTGAGCACAGG
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGG
EST: gi|100423945|gb|BY976600.1|BY976600
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCA
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCA
EST: gi|162193915|gb|FC371728.1|FC371728
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208398969|gb|DC912128.1|DC912128
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGANCACAGGTGCAGGGGTTANTGGATTCACCCTTGATCCCTC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTC
EST: gi|162171403|gb|FC346678.1|FC346678
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208378504|gb|DC927201.1|DC927201
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208347328|gb|DC909719.1|DC909719
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTAGGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCAC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCAC
EST: gi|208396143|gb|DC924609.1|DC924609
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100404176|gb|BY955293.1|BY955293
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGGTAATGGATTCACCCTTTGATCC-TC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTT-GATCCCTC
EST: gi|208348185|gb|DC920976.1|DC920976
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100445533|gb|CJ975682.1|CJ975682
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TGGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTA
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTA
EST: gi|100451052|gb|CJ974573.1|CJ974573
EST:     GCACTGCAATGCTNGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAANTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCNCCCTTGATCCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCC
EST: gi|208393616|gb|DC904332.1|DC904332
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100380980|gb|BY986828.1|BY986828
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTG
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTG
EST: gi|208391526|gb|DC937674.1|DC937674
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTACTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100410811|gb|BY956199.1|BY956199
EST:     CACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGGAAGT-CATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTG
genomic: CACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGG-AAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTG
EST: gi|162152140|gb|FC328730.1|FC328730
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|18333622|gb|BJ165637.1|BJ165637
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208373427|gb|DC931872.1|DC931872
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100391045|gb|BY953055.1|BY953055
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208394809|gb|DC920152.1|DC920152
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208352123|gb|DC906268.1|DC906268
EST:     CACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: CACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATG-TATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100449051|gb|CJ973350.1|CJ973350
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TGGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGG
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGG
EST: gi|100360619|gb|BY984209.1|BY984209
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGGTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCA
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCA
EST: gi|208380958|gb|DC903870.1|DC903870
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100352928|gb|BY945520.1|BY945520
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208378151|gb|DC902624.1|DC902624
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTAGGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208352801|gb|DC917765.1|DC917765
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208385201|gb|DC923581.1|DC923581
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACN                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCNCCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208352520|gb|DC918229.1|DC918229
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|162171402|gb|FC346677.1|FC346677
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208350215|gb|DC901599.1|DC901599
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTAGGTATGGAAGNTCATGCACC                         TTGNTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208398545|gb|DC916516.1|DC916516
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100448828|gb|CJ973127.1|CJ973127
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTNCATGCACC                         TTGGTACTGAGCA
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCA
EST: gi|100445852|gb|CJ970151.1|CJ970151
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTAGGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100362014|gb|BY947740.1|BY947740
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208358947|gb|DC946376.1|DC946376
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100353087|gb|BY945599.1|BY945599
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|18338549|gb|BJ170573.1|BJ170573
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGNAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAGTGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|162278600|gb|FC454998.1|FC454998
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAAAGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208384630|gb|DC907103.1|DC907103
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|162193916|gb|FC371729.1|FC371729
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208349119|gb|DC925902.1|DC925902
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 27

TATGCTCAAGGAAGGAGCATCAGGCACTGTTGAGGATGTGTTGCAGCCTGGCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCCCTCGGAGAATTCATCTTGACGCACCCTAATATCAAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATGCTCAAGGAAGGAGCATCAGGCACTGTTGAGGATGTGTTGCAGCCTGGCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactctgcccttgtgaagtgactgaattgcttaagacgtgcaattgcacttgatgtttaagcaatcaccgaacttggatgactaatcgtcaaata

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG