Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGCTCAAGGAAGGAGCATCAGGCACTGTTGAGGATGTGTTGCAGCCTGGCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactctgcccttgtgaagtgactgaattgcttaagacgtgcaattgcacttgatgtttaagcaatcaccgaacttggatgactaatcgtcaaata...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S1_300V6.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S1_300V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g36270.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TATGCTCAAGGA-AGGAGCATCAGGCACTGTTGAGGATGTGTTGCAGCCTGGCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactctgcccttgtgaagtgactgaattgcttaagacgtgcaat-tgcacttgatgtttaagcaatcaccgaacttggatgactaatcgtcaaata
 ||| | || || | |  || |  | ||| | || |||||  |||| ||||| || |  ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||   |  || | |  ||||   | |      ||| |||  |   |  || |||   |   |||  |  |   |  || | |||||             
CATGATTAAAGACAAGGACAACGTG-ACTTTGGACGATGTACTGCAACCTGGAACAGACATGCTTGCTGCTGGCTACTGCATGTACGGGAGTTCATGCACGgtaa---ccatgtcatc-tgaatccattt--ccccttcagatatatcacatgtactctcttcctaaatagacttggttctggtatgacag-----------

upper sequence: PP1S1_300V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G322953_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
TATGCTCAAGGA-AGGAGCATCAGGCACTGTTGAGGATGTGTTGCAGCCTGGCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactctgcccttgtgaagtgactgaattgcttaagacgtgcaattgcacttgatgtttaagcaatcaccgaacttggatgacta--atcgtcaaata------
 ||| |||| || | |  || |  | ||  | ||||||||| |||||||||| ||    ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||   || |    |  |  |   |||  | |  ||| | |  |      || || |  ||  |    ||    ||||     ||||    |   ||| ||      
CATGGTCAAAGACAAGGACAACGTG-ACCTTGGAGGATGTGCTGCAGCCTGGAACAAACATGCTTGCTGCTGGCTACTGCATGTACGGGAGTTCATGCACGgtaa---ctatctattgctagatccactttagtttttacgccccggccggccaattcac-ttcgactcgtcttataactgtatcgactgccgttaccaactatggcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100391045|gb|BY953055.1|BY953055
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100404176|gb|BY955293.1|BY955293
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGGTAATGGATTCACCCTTTGATCC-TC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTT-GATCCCTC
EST: gi|100396704|gb|BY953785.1|BY953785
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCCTC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCC-TC
EST: gi|100445852|gb|CJ970151.1|CJ970151
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTAGGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208373427|gb|DC931872.1|DC931872
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208393616|gb|DC904332.1|DC904332
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|162278601|gb|FC454999.1|FC454999
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100372971|gb|BY949374.1|BY949374
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGNTACTGAGCACAGGTGCAGGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATNCCCT
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGG-TTAATGGATTCACCCTTGAT-CCCT
EST: gi|100352928|gb|BY945520.1|BY945520
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208365212|gb|DC950739.1|DC950739
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTACTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208391526|gb|DC937674.1|DC937674
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTACTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208352123|gb|DC906268.1|DC906268
EST:     CACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: CACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATG-TATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|162193915|gb|FC371728.1|FC371728
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|162171403|gb|FC346678.1|FC346678
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208378504|gb|DC927201.1|DC927201
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208396143|gb|DC924609.1|DC924609
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208348185|gb|DC920976.1|DC920976
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208384630|gb|DC907103.1|DC907103
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|162152140|gb|FC328730.1|FC328730
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|100353087|gb|BY945599.1|BY945599
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|18333622|gb|BJ165637.1|BJ165637
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208394809|gb|DC920152.1|DC920152
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208380958|gb|DC903870.1|DC903870
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208352801|gb|DC917765.1|DC917765
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208385201|gb|DC923581.1|DC923581
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACN                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCNCCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208352520|gb|DC918229.1|DC918229
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208350215|gb|DC901599.1|DC901599
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTAGGTATGGAAGNTCATGCACC                         TTGNTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|162171402|gb|FC346677.1|FC346677
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208398545|gb|DC916516.1|DC916516
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208376930|gb|DC910792.1|DC910792
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAG
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAG
EST: gi|208358947|gb|DC946376.1|DC946376
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|18338549|gb|BJ170573.1|BJ170573
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGNAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAGTGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208378151|gb|DC902624.1|DC902624
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTAGGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|162278600|gb|FC454998.1|FC454998
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAAAGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|162193916|gb|FC371729.1|FC371729
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
EST: gi|208349119|gb|DC925902.1|DC925902
EST:     GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACC                         TTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC
genomic: GCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactc ... tcttttgcagTTGGTACTGAGCACAGGTGCAGGGGTTAATGGATTCACCCTTGATCCCTCC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATGCTCAAGGAAGGAGCATCAGGCACTGTTGAGGATGTGTTGCAGCCTGGCACTGCAATGCTTGCTGCTGGCTATTGTATGTATGGAAGTTCATGCACCgtaaggactctgcccttgtgaagtgactgaattgcttaagacgtgcaattgcacttgatgtttaagcaatcaccgaacttggatgactaatcgtcaaata

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG