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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCACTTGGCGTGTAGGTGGCGTTCTTGCAGTCTCTCGGGCGTTTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaactttcgttgactggcgtcttcatacagcaattgattgacccagttagggtgaagtagtggaaatgtgttatctctgattctggatttttacattgattttattgtttactggtgtgctcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S174_123V6.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S174_123V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA06G06310.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GCACTTGGCGTGTAGGTGGCGTTCTTGCAGTCTCTCGGGCGTTTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaactttcgttgactggcgtcttcatacagcaattgattgacccagttagggtgaagtagtggaaatgtgttatctctgattctggatttttacattgattttattgtttactggtgtgctcag
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GAACTTGGAGAGTTGGAGGTGTTCTTGCTGTTTCTCGTGCGTTTGGTGATAGACTCCTGAAGCAGTATGTTGTTGCTGATCCAGAAATTCAGgtatgtcta-----caatggttagt-------tacatccattc-ttgaatatgtta---tatagttatggat-----tcatctcaacctgtg----ctcatatagggtgcacggttcacatttgt------

upper sequence: PP1S174_123V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA04G06250.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
GCACTTGGCGTGTAGGTGGCGTTCTTGCAGTCTCTCGGGCGTTTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaactttcgttgactggcgtcttcatacagcaattgattgacccagttagggtgaagtagtggaaatgtgttatctctgattctggatttttacattgattttattgtttactggtgtgctcag
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GAACTTGGAGAGTTGGAGGTGTTCTTGCTGTTTCTCGTGCATTTGGTGATAGACTCCTGAAGCAGTATGTTGTTGCTGATCCAGAAATTCAGgtatgtcta-ctatggttagtta-cgtc--cattcttgaatatctt-atatagtta---tggattcatctcaacctgtgctcatatagggtgcatggttaagtgtaca-----------------------

upper sequence: PP1S174_123V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT5G24940.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
GCACTTGGCGTGTAGGTGGCGTTCTTGCAGTCTCTCGGGCGTTTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaactttcgttgactggcgt-cttcatacagcaattgattg-acccagttagggtgaagtagtggaaatgtgttatctctgattctggatttttacattgattttattgtttactggtgtgctcag
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GGACTTGGAGAGTTGGAGGAGTTCTTGCAGTTTCCCGCGCGTTTGGTGATCGATTGCTTAAACAATATGTTGTTGCTGATCCAGAAATTCAGgtttg--tatcttcatttgctttgtaaaccacacacaacatctacttgtgttcacttaaggtcatgtcttcaacttcag------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208395056|gb|DC920469.1|DC920469
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208378846|gb|DC927548.1|DC927548
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208396538|gb|DC915850.1|DC915850
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208366958|gb|DC951445.1|DC951445
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208352848|gb|DC917812.1|DC917812
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208397850|gb|DC916171.1|DC916171
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208354531|gb|DC953881.1|DC953881
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208386007|gb|DC956523.1|DC956523
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208364824|gb|DC957875.1|DC957875
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|37852052|gb|BJ610060.1|BJ610060
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208354285|gb|DC957463.1|DC957463
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|37834276|gb|BJ592288.1|BJ592288
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|208361054|gb|DC946687.1|DC946687
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCGCCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
EST: gi|37832174|gb|BJ590186.1|BJ590186
EST:     TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAG                         GATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT
genomic: TTGGTGACCGATTGCTCAAAAAGTATGTTGTTGCGGAACCAGAAATTCAGgtatggctaa ... gtgtgctcagGATCAGTTGATCACCAGCGATGTCGAGTTTTTGGTGCTCGCCAGTGATGGT