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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTGCTAAGGATCCACGATTTGAAACATTGCCTTGCACTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGAgtaagactaattcttctctacttatctacatcactagttaattttgctcttgtgagatagacataagattgcaattttagcagtttttgtatgagttagt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S153_101V6.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208359401|gb|DC939140.1|DC939140
EST:     CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGA                         AATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
genomic: CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGAgtaagactaa ... cgatgtacagAATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
EST: gi|37822267|gb|BJ580333.1|BJ580333
EST:     CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGA                         AATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
genomic: CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGAgtaagactaa ... cgatgtacagAATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
EST: gi|100365650|gb|BY948205.1|BY948205
EST:     CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGA                         AATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
genomic: CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGAgtaagactaa ... cgatgtacagAATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
EST: gi|208383700|gb|DC928031.1|DC928031
EST:     CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGA                         AATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
genomic: CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGAgtaagactaa ... cgatgtacagAATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
EST: gi|37827579|gb|BJ585591.1|BJ585591
EST:     CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGA                         AATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
genomic: CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGAgtaagactaa ... cgatgtacagAATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
EST: gi|208356397|gb|DC914287.1|DC914287
EST:     CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGA                         AATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
genomic: CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGAgtaagactaa ... cgatgtacagAATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
EST: gi|208400155|gb|DC904803.1|DC904803
EST:     CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGA                         AATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
genomic: CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGAgtaagactaa ... cgatgtacagAATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
EST: gi|162206440|gb|FC383433.1|FC383433
EST:     CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGA                         AATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
genomic: CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGAgtaagactaa ... cgatgtacagAATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
EST: gi|208370447|gb|DC952150.1|DC952150
EST:     CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGA                         AATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
genomic: CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGAgtaagactaa ... cgatgtacagAATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
EST: gi|208354670|gb|DC918696.1|DC918696
EST:     CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGA                         AATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
genomic: CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGAgtaagactaa ... cgatgtacagAATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
EST: gi|37823705|gb|BJ581771.1|BJ581771
EST:     CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGA                         AATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT
genomic: CTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGAgtaagactaa ... cgatgtacagAATAAGTGCTATATTGTTGCTACATGTGATCGGGATTTGAAACGTCGCATT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GGTTGCTAAGGATCCACGATTTGAAACATTGCCTTGCACTCACAAGGGTACATATGCTGATGATTGTATTGTGGAGCGTGTTACTCGAgtaagactaattcttctctacttatctacatcactagttaattttgctcttgtgagatagacataagattgcaattttagcagtttttgtatgagttagt

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