Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAGGGGCAACAAGCTGGGGAGAGCTCCAGCGCTCCTGATGTGGCCATGTCAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtggttccatcatgcaaaaaacagagtactctttccaattgcaaagctgatcttctgcatgtctgcacatgtttatagttgaatagtcgaaatttttggttcaaccaatcaattagcagaatatcatacgagggtacatctccgctaatattactcttctaattgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S14_318V6.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162159572|gb|FC335750.1|FC335750
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|67727809|gb|BJ978068.1|BJ978068
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|162235944|gb|FC411687.1|FC411687
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|67728278|gb|BJ978537.1|BJ978537
EST:     AAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTC-TTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: AAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|67726888|gb|BJ977147.1|BJ977147
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|162159573|gb|FC335751.1|FC335751
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACA-GCTATCGCTATGTCCATGGCTCAN
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|67728007|gb|BJ978266.1|BJ978266
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|37836566|gb|BJ594574.1|BJ594574
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|67725789|gb|BJ976048.1|BJ976048
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|67723947|gb|BJ974206.1|BJ974206
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|37846703|gb|BJ604711.1|BJ604711
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|208373205|gb|DC944904.1|DC944904
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|162235943|gb|FC411686.1|FC411686
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|18340442|gb|BJ172470.1|BJ172470
EST:     AGATGTTGGTCCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: AGATGTTGGT-CTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|162245025|gb|FC424983.1|FC424983
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|162195398|gb|FC370867.1|FC370867
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|67692593|gb|BJ952826.1|BJ952826
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|67724183|gb|BJ974442.1|BJ974442
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|37849081|gb|BJ607089.1|BJ607089
EST:     ACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACANCAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: ACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|162245026|gb|FC424984.1|FC424984
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
EST: gi|162270584|gb|FC446509.1|FC446509
EST:     CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATT                         GATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG
genomic: CAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtg ... ctaattgcagGATGATGATACTGCTCTTTTACAACAAGCTATCGCTATGTCCATGGCTCAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAAGGGGCAACAAGCTGGGGAGAGCTCCAGCGCTCCTGATGTGGCCATGTCAGATGTTGGTCTTGTAGATACTACGGACAAAAGTAAAGATATGATGATTgtaagtggtggttccatcatgcaaaaaacagagtactctttccaattgcaaagctgatcttctgcatgtctgcacatgtttatagttgaatagtcgaaatttttggttcaaccaatcaattagcagaatatcatacgagggtacatctccgctaatattactcttctaattgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG