Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAATTGGGGGACGGAATCAGACCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaagacaacaccttcaaattttctcaacttgaacatcacttttgtttcgtctcttgaaccagggctttgaacgttagctcagatcttgacagc...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S120_79V6.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18342689|gb|BJ174724.1|BJ174724
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|67692817|gb|BJ953050.1|BJ953050
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|15327367|gb|BI487991.1|BI487991
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|37821833|gb|BJ579899.1|BJ579899
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|67694462|gb|BJ954695.1|BJ954695
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|15729599|gb|BI741396.1|BI741396
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|67574192|gb|BJ947016.1|BJ947016
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|162210552|gb|FC386848.1|FC386848
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|67569549|gb|BJ942373.1|BJ942373
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|162221907|gb|FC398175.1|FC398175
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|7582951|gb|AW699115.1|AW699115
EST:     CGCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTGTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|162227422|gb|FC403156.1|FC403156
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|162266890|gb|FC443004.1|FC443004
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|7583223|gb|AW699387.1|AW699387
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|15261229|gb|BI436539.1|BI436539
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|67691738|gb|BJ951971.1|BJ951971
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
EST: gi|67697592|gb|BJ957825.1|BJ957825
EST:     CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATG                         GGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG
genomic: CCCAGACTTTAAGGGTTATCACAATGGAAACAGTGATCCACGAGGCTATGgtgcgttgaa ... gtgattccagGGCATATTGGAATTACTGTTGATGACGTCTACAAAGCATGCGAACGTTTTG