Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGCTAGGTGAATCGAACGCAACTAGCTACTTTGGCTGTGTTGGCAAGGATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagtttttatccaaggttccaaacaattgatgtgtaccgctgctggtagaatgtctttgggatcggtgggatagcttctcttttatatgatttgtttc...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S74_140V6.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208364850|gb|DC957887.1|DC957887
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|162162985|gb|FC338167.1|FC338167
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTT
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208383807|gb|DC928082.1|DC928082
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208386389|gb|DC937056.1|DC937056
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208370737|gb|DC936859.1|DC936859
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208372953|gb|DC940584.1|DC940584
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|18330051|gb|BJ162057.1|BJ162057
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208391627|gb|DC938240.1|DC938240
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208360344|gb|DC930753.1|DC930753
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|162175919|gb|FC351597.1|FC351597
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTT
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208349412|gb|DC910429.1|DC910429
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208376730|gb|DC902925.1|DC902925
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208388767|gb|DC941776.1|DC941776
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCTCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|67704587|gb|BJ964820.1|BJ964820
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|18326813|gb|BJ158813.1|BJ158813
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208400413|gb|DC908640.1|DC908640
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|18363954|gb|BJ196027.1|BJ196027
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208354863|gb|DC934367.1|DC934367
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|162227966|gb|FC404586.1|FC404586
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTT
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208386871|gb|DC941575.1|DC941575
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|100377120|gb|BY968373.1|BY968373
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208356999|gb|DC930029.1|DC930029
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|162184644|gb|FC360842.1|FC360842
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTT
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|18361231|gb|BJ193296.1|BJ193296
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208379780|gb|DC911665.1|DC911665
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|18373465|gb|BJ205043.1|BJ205043
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|67718979|gb|BJ969238.1|BJ969238
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|67575908|gb|BJ948732.1|BJ948732
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|18361452|gb|BJ193518.1|BJ193518
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208395695|gb|DC911816.1|DC911816
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|100383558|gb|BY950342.1|BY950342
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208398364|gb|DC912321.1|DC912321
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208358332|gb|DC930717.1|DC930717
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|162160598|gb|FC337173.1|FC337173
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTT
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|18363048|gb|BJ195120.1|BJ195120
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|67702174|gb|BJ962407.1|BJ962407
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTG
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTG
EST: gi|208356504|gb|DC914338.1|DC914338
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|100426438|gb|BY958898.1|BY958898
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGGACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208353472|gb|DC938707.1|DC938707
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208394056|gb|DC957137.1|DC957137
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|100386323|gb|BY987990.1|BY987990
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|18373978|gb|BJ205556.1|BJ205556
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208399501|gb|DC908498.1|DC908498
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAGT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208346565|gb|DC916831.1|DC916831
EST:     TGAGGGAGGTGTCNAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATNTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: TGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208355282|gb|DC929771.1|DC929771
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|100388054|gb|BY988527.1|BY988527
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208390491|gb|DC933748.1|DC933748
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208356213|gb|DC957331.1|DC957331
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCNCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGANGAGGATCNTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|100374167|gb|BY985695.1|BY985695
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|100429892|gb|BY978141.1|BY978141
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|100366155|gb|BY967307.1|BY967307
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCC-ACTTGGA-CATGCGGCGTGCT
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACT-GGAACATGCGGCGTGCT
EST: gi|208383873|gb|DC911527.1|DC911527
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208370618|gb|DC936134.1|DC936134
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|100370755|gb|BY948500.1|BY948500
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|18331899|gb|BJ163911.1|BJ163911
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|67702385|gb|BJ962618.1|BJ962618
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208358299|gb|DC939411.1|DC939411
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|100379883|gb|BY949992.1|BY949992
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
EST: gi|208394240|gb|DC933908.1|DC933908
EST:     ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAAT                         ATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC
genomic: ATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 31 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 15

GATGCTAGGTGAATCGAACGCAACTAGCTACTTTGGCTGTGTTGGCAAGGATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagttttt ... cctgcctcagATCCGATACGATGTGGACGAGGATCTTCCCACTGGAACATGCGGCGTGCTCGTGGTGAAGGGAGAGAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATGCTAGGTGAATCGAACGCAACTAGCTACTTTGGCTGTGTTGGCAAGGATGAGTATGGCGACCGTATGTTCAAGCTCGCCTCTGAGGGAGGTGTCAATgtaagtttttatccaaggttccaaacaattgatgtgtaccgctgctggtagaatgtctttgggatcggtgggatagcttctcttttatatgatttgtttc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT