Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATATTGGAATGGGGTGAGGATAGACGCATGGATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAAgtattgttcctcaactgagactctcacctagttgattttacgctcaatatgtaagaacgttctgtatctgatatcttctagactgaatttcagcagtattttatcacattaactcgcatgggtcaagtgcatctatctgttctaattttgtccacgtgtctgatgatag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S69_206V6.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208360863|gb|DC934759.1|DC934759
EST:     ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAA                         GGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
genomic: ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAAgtattgttcc ... ctgatgatagGGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
EST: gi|208364468|gb|DC958037.1|DC958037
EST:     ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAA                         GGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
genomic: ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAAgtattgttcc ... ctgatgatagGGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
EST: gi|208363913|gb|DC939562.1|DC939562
EST:     ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAA                         GGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
genomic: ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAAgtattgttcc ... ctgatgatagGGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
EST: gi|208392519|gb|DC933933.1|DC933933
EST:     ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAA                         GGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
genomic: ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAAgtattgttcc ... ctgatgatagGGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
EST: gi|208360887|gb|DC934783.1|DC934783
EST:     ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAA                         GGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
genomic: ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAAgtattgttcc ... ctgatgatagGGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
EST: gi|208358230|gb|DC934507.1|DC934507
EST:     ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAA                         GGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
genomic: ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAAgtattgttcc ... ctgatgatagGGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
EST: gi|208384874|gb|DC907487.1|DC907487
EST:     ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAA                         GGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
genomic: ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAAgtattgttcc ... ctgatgatagGGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
EST: gi|208377672|gb|DC932208.1|DC932208
EST:     ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAA                         GGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
genomic: ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAAgtattgttcc ... ctgatgatagGGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
EST: gi|208380943|gb|DC902973.1|DC902973
EST:     ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAA                         GGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC
genomic: ATAACAAGCGAAACAATTTGGCTAGATTTGCTGTGTTTTGGACTCTCCAAgtattgttcc ... ctgatgatagGGAATATGGGTGTGGACTGTGTCTCTCCCAGTCACTATTGTGAATGGGATC