Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTAAAACTTCCTGGTTTTACGGACAACGTTGTTACTCACATCCTTTCTGGATTAGGTGCTGGCTTTATCGCTGTCTGTGTGGGCTCTCCTGTTGATGTGgtaagtggctctctgctgttgtttgggctacactgagtggaattagttttcggaattgtccagaagatggtacattttagactcttgatttcagagaaat...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S54_186V6.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208374000|gb|DC944733.1|DC944733
EST:     GATTAGGTGCTGGCTTTATCGCTGTCTGTGTGGGCTCTCCTGTTGATGTG                         GTGAAGTCCAGAATGATGGGAGGAGGGCAGGGTGCTTACAAAGGCACAATT
genomic: GATTAGGTGCTGGCTTTATCGCTGTCTGTGTGGGCTCTCCTGTTGATGTGgtaagtggct ... tgttgtgcagGTGAAGTCCAGAATGATGGGAGGAGGGCAGGGTGCTTACAAAGGCACAATT
EST: gi|208372592|gb|DC944599.1|DC944599
EST:     GATTAGGTGCTGGCTTTATCGCTGTCTGTGTGGGCTCTCCNGTTGATGTG                         GTGAAGTCCAGAATGATGGGAGGAGGGCAGGGTGCTTACAAAGGCACAATT
genomic: GATTAGGTGCTGGCTTTATCGCTGTCTGTGTGGGCTCTCCTGTTGATGTGgtaagtggct ... tgttgtgcagGTGAAGTCCAGAATGATGGGAGGAGGGCAGGGTGCTTACAAAGGCACAATT
EST: gi|162230432|gb|FC407087.1|FC407087
EST:     GATTAGGTGCTGGCTTTATCGCNGTCTGTGTGGGCTCTCCTGTTGATGTG                         GTGAAGTCCAGAATGATGGGAGGAGGGCAGGGTGCTTACAAAGGCACAATT
genomic: GATTAGGTGCTGGCTTTATCGCTGTCTGTGTGGGCTCTCCTGTTGATGTGgtaagtggct ... tgttgtgcagGTGAAGTCCAGAATGATGGGAGGAGGGCAGGGTGCTTACAAAGGCACAATT
EST: gi|162158108|gb|FC333903.1|FC333903
EST:     GATTAGGTGCTGGCTTTATCGCTGTCTGTGTGGGCTCTCCTGTTGATGTG                         GTGAAGTCCAGAATGATGGGAGGAGGGCAGGGTGCTTACAAAGGCACAATT
genomic: GATTAGGTGCTGGCTTTATCGCTGTCTGTGTGGGCTCTCCTGTTGATGTGgtaagtggct ... tgttgtgcagGTGAAGTCCAGAATGATGGGAGGAGGGCAGGGTGCTTACAAAGGCACAATT
EST: gi|162272364|gb|FC449029.1|FC449029
EST:     GATTAGGTGCTGGCTTTATCGCTGTCTGTGTGGGCTCTCCTGTTGATGTG                         GTGAAGTCCAGAATGATGGGAGGAGGGCAGGGTGCTTACAAAGGCACAATT
genomic: GATTAGGTGCTGGCTTTATCGCTGTCTGTGTGGGCTCTCCTGTTGATGTGgtaagtggct ... tgttgtgcagGTGAAGTCCAGAATGATGGGAGGAGGGCAGGGTGCTTACAAAGGCACAATT