Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCATTCGAGGAGATCAGAATTGGTGCCAAAGAACTGGGGGATAAGACGAAGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctgcaaataagtccgcgcttctggtgcattgttcttcttcgtgtagaaggaatgctgtgcgcttgatatgtgctttctttatttgcacgtgcaaaatgacctaatcgtcgcgaaaagttgttgtggacatgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S49_243V6.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208347503|gb|DC925387.1|DC925387
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|208380630|gb|DC919388.1|DC919388
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|7147836|gb|AW509758.1|AW509758
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGTAATGATAAG                         GTTCTTGATGTATATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|208351044|gb|DC910507.1|DC910507
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|208374301|gb|DC941142.1|DC941142
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|208350709|gb|DC918169.1|DC918169
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|208396719|gb|DC924331.1|DC924331
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|100362161|gb|BY947220.1|BY947220
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|208348904|gb|DC921676.1|DC921676
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|208348263|gb|DC905505.1|DC905505
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|67696624|gb|BJ956857.1|BJ956857
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|208344391|gb|DC912750.1|DC912750
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|208379070|gb|DC911595.1|DC911595
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|67573240|gb|BJ946064.1|BJ946064
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|162221894|gb|FC398162.1|FC398162
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|208357149|gb|DC926524.1|DC926524
EST:     AGTGGTTGNAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|208379038|gb|DC907787.1|DC907787
EST:     AGTGGTTGAANGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|162221893|gb|FC398161.1|FC398161
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|208392456|gb|DC904274.1|DC904274
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
EST: gi|208361708|gb|DC954142.1|DC954142
EST:     AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAG                         GTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG
genomic: AGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 27 (upstream exon), 9 (downstream exon)
Score: 2

CTCATTCGAGGAGATCAGAATTGGTGCCAAAGAACTGGGGGATAAGACGAAGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctg ... ggacatgcagGTTCTTGATGTAGATCTGCCCATCACAGTAGTTGTGAAGGTCGTACAGACGGATCCTGGTTTGAAGGGAGACACAGCTCAAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTCATTCGAGGAGATCAGAATTGGTGCCAAAGAACTGGGGGATAAGACGAAGTGGTTGAAGGAGGGGATGGAATGCAATGTGTTGACCTGGAATGATAAGgtatggtctgcaaataagtccgcgcttctggtgcattgttcttcttcgtgtagaaggaatgctgtgcgcttgatatgtgctttctttatttgcacgtgcaaaatgacctaatcgtcgcgaaaagttgttgtggacatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA