Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGATAGTCGGAGTTTTGGACCTTTGCCTTTGAGTAACATAGTCGGGAGGGCCATTTACGGCACACGCTCTCCAGTTGACCATGGTTTTGTGGTGAACAGgtaagcctgaagttgacctactttttatacatttactataaatggcggtatgttttcgttgcatgttggtaacaacgtctgatttccttgctaggatttt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S47_94V6.3
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208362367|gb|DC954613.1|DC954613
EST:     GCCATTTACGGCACACGCTCTCCAGTTGACCATGGTTTTGTGGTGAACAG                         TGATGATGCTATGCATGCTGATTCACCAGTATTGGCGGTTGAACTTGACGT
genomic: GCCATTTACGGCACACGCTCTCCAGTTGACCATGGTTTTGTGGTGAACAGgtaagcctga ... tgtatggcagTGATGATGCTATGCATGCTGATTCACCAGTATTGGCGGTTGAACTTGACGT
EST: gi|67693814|gb|BJ954047.1|BJ954047
EST:     GCCATTTACGGCACACGCTCTCCAGTTGACCATGGTTTTGTGGTGAACAG                         TGATGATGCTATGCATGCTGATTCACCAGTATTGGCGGTTGAACTTGACGT
genomic: GCCATTTACGGCACACGCTCTCCAGTTGACCATGGTTTTGTGGTGAACAGgtaagcctga ... tgtatggcagTGATGATGCTATGCATGCTGATTCACCAGTATTGGCGGTTGAACTTGACGT
EST: gi|37827852|gb|BJ585864.1|BJ585864
EST:     GCCATTTACGGCACACGCTCTCCAGTTGACCATGGTTTTGTGGTGAACAG                         TGATGATGCTATGCATGCTGATTCACCAGTATTGGCGGTTGAACTTGACGT
genomic: GCCATTTACGGCACACGCTCTCCAGTTGACCATGGTTTTGTGGTGAACAGgtaagcctga ... tgtatggcagTGATGATGCTATGCATGCTGATTCACCAGTATTGGCGGTTGAACTTGACGT
EST: gi|208345079|gb|DC925433.1|DC925433
EST:     GCCATTTACGGCACACGCTCTCCAGTTGACCATGGTTTTGTGGTGAACAG                         TGATGATGCTATGCATGCTGATTCACCAGTATTGGCGGTTGAACTTGACGT
genomic: GCCATTTACGGCACACGCTCTCCAGTTGACCATGGTTTTGTGGTGAACAGgtaagcctga ... tgtatggcagTGATGATGCTATGCATGCTGATTCACCAGTATTGGCGGTTGAACTTGACGT