Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGATGGAACGGACTGCAGCTACAGCAACCCTCTGCGTCTTTGTTAGAAGGTGTAAATGGTCGTCATGTGTACTTTGTGCACTCATATCGAGCAACTCCTgtacgttgatttactgtttacaagtgaaggttctatttttgtcattcatgtcagttcttgtgtactccgtgtattctcttcactgtataaaaattgcataaggtttttctgtagtctgagcatatctagcaacatggtttcactgacggtaaggcatagcatgattcaattgggcatggcttgagcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S43_232V6.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100372791|gb|BY948705.1|BY948705
EST:     GTGTAAATGGTCGTCATGTGTACTTTGTGCACTCATATCGAGCAACTCCT                         ACTGTCGAGAACAAGGATTGGGTTTTAGCAACATGCAATTATGGGGTCGAC
genomic: GTGTAAATGGTCGTCATGTGTACTTTGTGCACTCATATCGAGCAACTCCTgtacgttgat ... gcttgagcagACTGTCGAGAACAAGGATTGGGTTTTAGCAACATGCAATTATGGGGTCGAC
EST: gi|162240842|gb|FC417513.1|FC417513
EST:     GTGTAAATGGTCGTCATGTGTACTTTGTGCACTCATATCGAGCAACTCCT                         ACTGTCGAGAACAAGGATTGGGTTTTAGCAACATGCAATTATGGGGTCGAC
genomic: GTGTAAATGGTCGTCATGTGTACTTTGTGCACTCATATCGAGCAACTCCTgtacgttgat ... gcttgagcagACTGTCGAGAACAAGGATTGGGTTTTAGCAACATGCAATTATGGGGTCGAC