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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCTATAATTTTGAGGACAAAGGTGGTAGAAAGGTTGCCCTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGGgtctgttcgcctttgtcaaatttatattactccgctattttcgttctccttccttaattcgttgggggcattatttataatcatgtggatttggaggatttagattgtgacaaactcaagtctttcaccttgccag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S407_7V6.3
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67717425|gb|BJ967684.1|BJ967684
EST:     CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGG                         GAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
genomic: CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGGgtctgttcgc ... accttgccagGAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
EST: gi|100388601|gb|BY970749.1|BY970749
EST:     CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGG                         GAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
genomic: CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGGgtctgttcgc ... accttgccagGAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
EST: gi|162161524|gb|FC338731.1|FC338731
EST:     CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGG                         GAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
genomic: CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGGgtctgttcgc ... accttgccagGAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
EST: gi|18368288|gb|BJ200373.1|BJ200373
EST:     CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGG                         GAGAGCTCAGTCCTT
genomic: CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGGgtctgttcgc ... accttgccagGAGAGCTCAGTCCTT
EST: gi|162184196|gb|FC360463.1|FC360463
EST:     CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGG                         GAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
genomic: CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGGgtctgttcgc ... accttgccagGAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
EST: gi|67574848|gb|BJ947672.1|BJ947672
EST:     CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGG                         GAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
genomic: CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGGgtctgttcgc ... accttgccagGAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
EST: gi|208354688|gb|DC934180.1|DC934180
EST:     CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGG                         GAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
genomic: CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGGgtctgttcgc ... accttgccagGAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
EST: gi|208346695|gb|DC913341.1|DC913341
EST:     CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGG                         GAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
genomic: CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGGgtctgttcgc ... accttgccagGAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
EST: gi|67577876|gb|BJ950043.1|BJ950043
EST:     CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGG                         GAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
genomic: CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGGgtctgttcgc ... accttgccagGAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
EST: gi|100362562|gb|BY947415.1|BY947415
EST:     CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGG                         GAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
genomic: CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGGgtctgttcgc ... accttgccagGAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
EST: gi|67712636|gb|BJ966085.1|BJ966085
EST:     CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGG                         GAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG
genomic: CTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGGgtctgttcgc ... accttgccagGAGAGCTCAGTCCTTCCCTTTGAAGTGGTTTGCTATTGGTCAGTGCTGGCG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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CTCTATAATTTTGAGGACAAAGGTGGTAGAAAGGTTGCCCTTCGACCCGAGCTCACACCCTCTTTGGCTCGCCTTGTTCTGCAGAAAGGgtctgttcgcctttgtcaaatttatattactccgctattttcgttctccttccttaattcgttgggggcattatttataatcatgtggatttggaggatttagattgtgacaaactcaagtctttcaccttgccag

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