Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAAGGACAACCCTCTCGCACCTGTTATCGGCAAGCTACGATTGCCTTTGTATCGAACATGTGGCGATAATTCAGTTTTGTATGACCATGACTTAGAGAGgtatggcactctggttttggtgtactctgttggggtgcataggacaccatttgtagaagttaagctggtgcatgtgttcggacatgcgccgaattgagca...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S24_237V6.3
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162184634|gb|FC360832.1|FC360832
EST:     GTTTTGTATGACCATGACTTAGAGAG                         CTATGCGCTATTTGACATGGATGGTCACCAAGTTCCACAATCTCTGGTCAC
genomic: GTTTTGTATGACCATGACTTAGAGAGgtatggcact ... ttttgttcagCTATGCGCTATTTGACATGGATGGTCACCAAGTTCCACAATCTCTGGTCAC
EST: gi|67576032|gb|BJ948856.1|BJ948856
EST:     TATCGAACATGTGGCGATAATTCAGTTTTGTATGACCATGACTTAGAGAG                         CTATGCGCTATTTGACATGGATGGTCACCAAGTTCCACAATCTCTGGTCAC
genomic: TATCGAACATGTGGCGATAATTCAGTTTTGTATGACCATGACTTAGAGAGgtatggcact ... ttttgttcagCTATGCGCTATTTGACATGGATGGTCACCAAGTTCCACAATCTCTGGTCAC
EST: gi|162243386|gb|FC417087.1|FC417087
EST:     TATCGAACATGTGGCGATAATTCAGTTTTGTATGACCATGACTTAGAGAG                         CTATGCGCTATTTGACATGGATGGTCACCAAGTTCCACAATCTCTGGTCAC
genomic: TATCGAACATGTGGCGATAATTCAGTTTTGTATGACCATGACTTAGAGAGgtatggcact ... ttttgttcagCTATGCGCTATTTGACATGGATGGTCACCAAGTTCCACAATCTCTGGTCAC