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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAAGCAAAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAGgtgtgtaattcttcgattttgagattttaagttctgcatttatactttttgcacccgctaatgaattgggtagcacgttcaacagtaatctcttggctgt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S218_19V6.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162164429|gb|FC341048.1|FC341048
EST:     AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAG                         GCATGCAACGCCCAGAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGG
genomic: AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAGgtgtgtaatt ... tttatcacagGCATGCAACGCCCAGAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGG
EST: gi|162167702|gb|FC344016.1|FC344016
EST:     AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAG                         GCATGCAACGCCCAGAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGG
genomic: AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAGgtgtgtaatt ... tttatcacagGCATGCAACGCCCAGAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGG
EST: gi|162171311|gb|FC347236.1|FC347236
EST:     AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAG                         GCATGCAACGCCCAGAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGG
genomic: AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAGgtgtgtaatt ... tttatcacagGCATGCAACGCCCAGAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGG
EST: gi|18346122|gb|BJ178165.1|BJ178165
EST:     AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAG                         GCATGCAACGCCCANAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGGGT
genomic: AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAGgtgtgtaatt ... tttatcacagGCATGCAACGCCCAGAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGGGT
EST: gi|162235485|gb|FC411308.1|FC411308
EST:     AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAG                         GCATGCAACGCCCAGAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGG
genomic: AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAGgtgtgtaatt ... tttatcacagGCATGCAACGCCCAGAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGG
EST: gi|162199213|gb|FC375049.1|FC375049
EST:     AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAG                         GCATGCAACGCCCAGAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGG
genomic: AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAGgtgtgtaatt ... tttatcacagGCATGCAACGCCCAGAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGG
EST: gi|162167280|gb|FC342845.1|FC342845
EST:     AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAG                         GCATGCAACGCCCAGAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGG
genomic: AAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAGgtgtgtaatt ... tttatcacagGCATGCAACGCCCAGAGCATGGTGTGTGTCCCTCTCTACGATACTTTGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AAAAGCAAAATTGGAGTTTATGGCATAAATTGCCCGCAGTGGTTCATGGCCATGGAGgtgtgtaattcttcgattttgagattttaagttctgcatttatactttttgcacccgctaatgaattgggtagcacgttcaacagtaatctcttggctgt

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