Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTGCCGTAGCTCGAGGAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGGgtatgtttatctctacaaaatataacaacatgaactttgtttttatatgtagttgggatgctgctcgaatctagctcgctaggtttgtggtctactcaat...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S152_87V6.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162196622|gb|FC374912.1|FC374912
EST:     GCCGTAGCTCGAGGAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGG                         TATGGCATCAACACCAGCGATGTTCAATAGCACCTTAACAGTTCGAGACGA
genomic: GCCGTAGCTCGAGGAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGGgtatgtttat ... tttccaacagTATGGCATCAACACCAGCGATGTTCAATAGCACCTTAACAGTTCGAGACGA
EST: gi|162244981|gb|FC424939.1|FC424939
EST:     GCCGTAGCTCGAGGAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGG                         TATGGCATCAACACCAGCGATGTTCAATAGCACCTTAACAGTTCGAGACGA
genomic: GCCGTAGCTCGAGGAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGGgtatgtttat ... tttccaacagTATGGCATCAACACCAGCGATGTTCAATAGCACCTTAACAGTTCGAGACGA
EST: gi|100352594|gb|BY945350.1|BY945350
EST:     GCCGTAGCTCGAGGAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGG                         TATGGCATCAACACCAGCGATGTTCAATAGCACCTTAACAGTTCGAGACGA
genomic: GCCGTAGCTCGAGGAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGGgtatgtttat ... tttccaacagTATGGCATCAACACCAGCGATGTTCAATAGCACCTTAACAGTTCGAGACGA
EST: gi|100419828|gb|BY957728.1|BY957728
EST:     GCCGTAGCTCGAGGAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGG                         TATGGCATCAACACCAGCGATGTTCAATAGCACCTTAACAGTTCGAGACGA
genomic: GCCGTAGCTCGAGGAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGGgtatgtttat ... tttccaacagTATGGCATCAACACCAGCGATGTTCAATAGCACCTTAACAGTTCGAGACGA
EST: gi|162159476|gb|FC336265.1|FC336265
EST:     GCCGTAGCTCGAGGAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGG                         TATGGCATCAACACCAGCGATGTTCAATAGCACCTTAACAGTTCGAGACGA
genomic: GCCGTAGCTCGAGGAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGGgtatgtttat ... tttccaacagTATGGCATCAACACCAGCGATGTTCAATAGCACCTTAACAGTTCGAGACGA
EST: gi|100397210|gb|BY972385.1|BY972385
EST:     GCCGTAGCTCGAGAAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGG                         TATGGCATCAACACCAGCGATGTTCAATAGCACCTTAACAGTTCGAGACGA
genomic: GCCGTAGCTCGAGGAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGGgtatgtttat ... tttccaacagTATGGCATCAACACCAGCGATGTTCAATAGCACCTTAACAGTTCGAGACGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGTGCCGTAGCTCGAGGAATATCTGGAGCTGGATTGGATGTCATTGAATATGGgtatgtttatctctacaaaatataacaacatgaactttgtttttatatgtagttgggatgctgctcgaatctagctcgctaggtttgtggtctactcaat

- - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - -  GCTGGA