Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGGTGGGGTATCGTCGAGGGGGTGACTCCTCAAGTTTATGATTGGTCCGCATACTACGATTTGTTCAGTATGGTCCGAGACTGCAAGCTTAAATTACAGgtagcatgtaatccattcctgaagccaaccttcttgcagattattaaggattttgtcatattttcttgctcgaattggcgcacagctggatctgaattgctcgttattttgtcaaagtggtcgatcttaatgtcgtttatgaatgatcttgagccttttatggataatcacccagtagagttgttttggactcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S9_318V6.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100443994|gb|BY982222.1|BY982222
EST:     ATACTACGATTTGTTCAGNATGGTCCGAGACTGGCA-GCNTAAATTACAG                         GCTATAATGTCCTTTTCTTCAATGGTGGGGGTAATG
genomic: ATACTACGATTTGTTCAGTATGGTCCGAGACTG-CAAGCTTAAATTACAGgtagcatgta ... ttggactcagGCTATAATGTCCTTT-CATCAATG-TGGGGGTAATG
EST: gi|208349770|gb|DC905894.1|DC905894
EST:     CATACTACGATTTGTTCAGTATGGTCCGAGACTGCAAGCTTAAATTACAG                         GCTATAATGTCCTTTCATCAATGTGGGGGTAATGTTGGAGACGACGTCTTC
genomic: CATACTACGATTTGTTCAGTATGGTCCGAGACTGCAAGCTTAAATTACAGgtagcatgta ... ttggactcagGCTATAATGTCCTTTCATCAATGTGGGGGTAATGTTGGAGACGACGTCTTC
EST: gi|162160287|gb|FC336573.1|FC336573
EST:     CATACTACGATTTGTTCAGTATGGTCCGAGACTGCAAGCTTAAATTACAG                         GCTATAATGTCCTTTCATCAATGTGGGGGTAATGTTGGAGACGACGTCTTC
genomic: CATACTACGATTTGTTCAGTATGGTCCGAGACTGCAAGCTTAAATTACAGgtagcatgta ... ttggactcagGCTATAATGTCCTTTCATCAATGTGGGGGTAATGTTGGAGACGACGTCTTC
EST: gi|18332321|gb|BJ164334.1|BJ164334
EST:     CATACTACGATTTGTTCAGTATGGTCCGAGACTGCAAGCTTAAATTACAG                         GCTATAATGTCCTTTCATCAATGTGGGGGTAATGTTGGAGACGACGTCTTC
genomic: CATACTACGATTTGTTCAGTATGGTCCGAGACTGCAAGCTTAAATTACAGgtagcatgta ... ttggactcagGCTATAATGTCCTTTCATCAATGTGGGGGTAATGTTGGAGACGACGTCTTC
EST: gi|67568989|gb|BJ941813.1|BJ941813
EST:     CATACTACGATTTGTTCAGTATGGTCCGAGACTGCAAGCTTAAATTACAG                         GCTATNAATGTCCTTTCATCAATGTGGGGGTAATGTTGGAGACGACGTCTT
genomic: CATACTACGATTTGTTCAGTATGGTCCGAGACTGCAAGCTTAAATTACAGgtagcatgta ... ttggactcagGCTAT-AATGTCCTTTCATCAATGTGGGGGTAATGTTGGAGACGACGTCTT
EST: gi|162237715|gb|FC413330.1|FC413330
EST:     CATACTACGATTTGTTCAGTATGGTCCGAGACTGCAAGCTTAAATTACAG                         GCTATAATGTCCTTTCATCAATGTGGGGGTAATGTTGGAGACGACGTCTTC
genomic: CATACTACGATTTGTTCAGTATGGTCCGAGACTGCAAGCTTAAATTACAGgtagcatgta ... ttggactcagGCTATAATGTCCTTTCATCAATGTGGGGGTAATGTTGGAGACGACGTCTTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTGGTGGGGTATCGTCGAGGGGGTGACTCCTCAAGTTTATGATTGGTCCGCATACTACGATTTGTTCAGTATGGTCCGAGACTGCAAGCTTAAATTACAGgtagcatgtaatccattcctgaagccaaccttcttgcagattattaaggattttgtcatattttcttgctcgaattggcgcacagctggatctgaattgctcgttattttgtcaaagtggtcgatcttaatgtcgtttatgaatgatcttgagccttttatggataatcacccagtagagttgttttggactcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT