Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCATTCTCCTTGACTTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacctgtatattctatgtcattttatttagaagttacgttgacaaacttcaaatcttcgctgtgaaagagtggatgggtattcctcttacatac...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S78_51V6.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S78_51V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os02g54990.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
GCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCATTCTCCTTGACTTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacctgtatattctatgtcattttatttagaagttacgttgacaaacttcaaatcttcgctgtgaa--agagtggatgggtattcctcttacatac----------
  ||||| || || |||||  || |  | ||||||||  || |  | ||||||  |||    ||||| |     |||||||||||||||||||||||||||| || | |   | | |||  |||    |||  |  | ||  | || |   | |   ||  |   ||||  |  | |     |   || |    | | ||            
AGTTTGGATCTGGACTGTTCCTGCTTGTTCAGGTTGTTCTTTTGTTGGACTTTGTTCATGGATGGAACGAGAATTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgttagtagctgatcttttccttgt----ttaccttcaggtccccttaatttagtatgaacttcttctgtttatcaaaacctgttaataatttgttcatatttattactgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162223284|gb|FC400552.1|FC400552
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|162159385|gb|FC335173.1|FC335173
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|162259610|gb|FC436473.1|FC436473
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|208360854|gb|DC934750.1|DC934750
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|208374347|gb|DC941160.1|DC941160
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|162226437|gb|FC402417.1|FC402417
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|162279685|gb|FC455398.1|FC455398
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|100447063|gb|CJ971362.1|CJ971362
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|208364858|gb|DC957895.1|DC957895
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|208357565|gb|DC934073.1|DC934073
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|162272333|gb|FC449011.1|FC449011
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|100366190|gb|BY967324.1|BY967324
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|208350208|gb|DC901592.1|DC901592
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|162190510|gb|FC365732.1|FC365732
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|100438163|gb|BY961685.1|BY961685
EST:     TTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGC
genomic: TTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGG-TTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGC
EST: gi|208389023|gb|DC937356.1|DC937356
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|162173089|gb|FC349195.1|FC349195
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
EST: gi|100416027|gb|BY957042.1|BY957042
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTG
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTG
EST: gi|162276898|gb|FC452580.1|FC452580
EST:     TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTG                         GTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT
genomic: TTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacc ... atgtgtgcagGTATATAGCATTGCTAGCTGTATCCATTGGTTGCTATTTGGCAAGCTTTGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTTTGGTTCAGGTCTGTTTTTGTTGATCCAGGTTGTCATTCTCCTTGACTTTACTCACAACTGGAATGCTGCCTGGGTTGCCAAGGATGAACAGTTCTGgtgagcaacctgtatattctatgtcattttatttagaagttacgttgacaaacttcaaatcttcgctgtgaaagagtggatgggtattcctcttacatac

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG