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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTAGTCACCGACTTGGTACATGGACTAGAGAAACGATTGGCTGGTTCAGTGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggtcaataggatccacgttgcatttattgcataaatattttaggttacctaagtaaatttgttttcactggtggtaaaggtcatgttgcttctgtttcatcttttggcggcgttgccatttcctagcatcatgttattggagatttactcttatccgcaattgtcttcttgtatcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S78_28V6.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208365484|gb|DC954725.1|DC954725
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|22132000|gb|BQ826927.1|BQ826927
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|37850124|gb|BJ608132.1|BJ608132
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|67696662|gb|BJ956895.1|BJ956895
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|37823861|gb|BJ581927.1|BJ581927
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|37846605|gb|BJ604613.1|BJ604613
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|162193740|gb|FC371267.1|FC371267
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|162223988|gb|FC400346.1|FC400346
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|7583621|gb|AW699529.1|AW699529
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|37836037|gb|BJ594045.1|BJ594045
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|37824564|gb|BJ582630.1|BJ582630
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|162223987|gb|FC400345.1|FC400345
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|37826909|gb|BJ584921.1|BJ584921
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
EST: gi|37828120|gb|BJ586132.1|BJ586132
EST:     TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAG                         GTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA
genomic: TGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 17 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 4

AGTAGTCACCGACTTGGTACATGGACTAGAGAAACGATTGGCTGGTTCAGTGGATGTTCTCTTGTTCAACCCTCCTTATGTTCCCACTCCTGAGCACGAGgtatgctggt ... cttgtatcagGTGGGTGCGGCAGGCATAACTGCTACTTGGGCTGGTGGTGATAGGGGCAGAGTTGTAATTGACCGTATGCTGACAATGGTAGACAGTCTATTATCGAGTA




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