Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgcttcaatctcttatttggatgttgctgcatctgagaatgcatagtacaagaagcgtctgattgttcacttttcatgattgttgtaagagcagt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S6_409V6.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208364105|gb|DC950397.1|DC950397
EST:     ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACC                         GTCGGTTTCCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACT
genomic: ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgctt ... ctctgtacagGTCGGTTT-CAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACT
EST: gi|208382259|gb|DC919247.1|DC919247
EST:     ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACC                         GTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
genomic: ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgctt ... ctctgtacagGTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
EST: gi|208348042|gb|DC905365.1|DC905365
EST:     ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACC                         GTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
genomic: ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgctt ... ctctgtacagGTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
EST: gi|100430815|gb|BY978411.1|BY978411
EST:     ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACC                         GTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
genomic: ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgctt ... ctctgtacagGTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
EST: gi|208391260|gb|DC933521.1|DC933521
EST:     ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACC                         GTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
genomic: ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgctt ... ctctgtacagGTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
EST: gi|208373818|gb|DC936589.1|DC936589
EST:     ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACC                         GTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
genomic: ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgctt ... ctctgtacagGTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
EST: gi|208360397|gb|DC930778.1|DC930778
EST:     ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACC                         GTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
genomic: ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgctt ... ctctgtacagGTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
EST: gi|100379138|gb|BY986594.1|BY986594
EST:     ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACC                         GTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
genomic: ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgctt ... ctctgtacagGTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
EST: gi|208374248|gb|DC945294.1|DC945294
EST:     ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACC                         GTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
genomic: ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgctt ... ctctgtacagGTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
EST: gi|100416820|gb|BY993105.1|BY993105
EST:     ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACC                         GTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
genomic: ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgctt ... ctctgtacagGTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
EST: gi|100417855|gb|BY975687.1|BY975687
EST:     ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACC                         GTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
genomic: ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgctt ... ctctgtacagGTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
EST: gi|162203521|gb|FC380437.1|FC380437
EST:     ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACC                         GTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG
genomic: ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgctt ... ctctgtacagGTCGGTTTCAATATGCGTAAAGTGTCGAAGGGCAATGTTACTATCAAACTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACTGGTGGTTATAGCGAAGATATGATTCCCACCgtaagtgcttcaatctcttatttggatgttgctgcatctgagaatgcatagtacaagaagcgtctgattgttcacttttcatgattgttgtaagagcagt

- TGGTGG
- - - - - - - CGAAGA