Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGAACTTGAACGATTAACGCGAGTGTTCACGCAGAAGATCCATGATGTCATCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAGgtatgttccgtatattgaagctctctcgtgttccactaacatgccgtattgctgatgcgtctcatcatgctcagtgcagagaaacccctctctgatctcaacgactttgtttttgtacag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S62_236V6.3
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162167228|gb|FC342793.1|FC342793
EST:     TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAG                         ACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
genomic: TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAGgtatgttccg ... ttttgtacagACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
EST: gi|208345526|gb|DC909216.1|DC909216
EST:     TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAG                         ACTATGGCTGGGATTTTGGACG
genomic: TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAGgtatgttccg ... ttttgtacagACTATGGCTTGGATTTTGGACG
EST: gi|162176130|gb|FC351079.1|FC351079
EST:     TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAG                         ACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
genomic: TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAGgtatgttccg ... ttttgtacagACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
EST: gi|162253971|gb|FC430215.1|FC430215
EST:     TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAG                         ACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
genomic: TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAGgtatgttccg ... ttttgtacagACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
EST: gi|67573617|gb|BJ946441.1|BJ946441
EST:     TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAG                         ACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
genomic: TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAGgtatgttccg ... ttttgtacagACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
EST: gi|162275836|gb|FC451397.1|FC451397
EST:     TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAG                         ACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
genomic: TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAGgtatgttccg ... ttttgtacagACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
EST: gi|162162143|gb|FC337717.1|FC337717
EST:     TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAG                         ACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
genomic: TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAGgtatgttccg ... ttttgtacagACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
EST: gi|162194068|gb|FC370243.1|FC370243
EST:     TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAG                         ACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
genomic: TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAGgtatgttccg ... ttttgtacagACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
EST: gi|100396442|gb|BY990131.1|BY990131
EST:     TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAG                         ACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
genomic: TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAGgtatgttccg ... ttttgtacagACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
EST: gi|162151269|gb|FC327723.1|FC327723
EST:     TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAG                         ACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
genomic: TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAGgtatgttccg ... ttttgtacagACTATGGCTTGGATTTTGGACGAGTACTCGAAATTTCATGGGTATACTCCG
EST: gi|18346137|gb|BJ178180.1|BJ178180
EST:     TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAG                         ACTATGGCTTGGATTTTGGA
genomic: TCGGTCCTCATCTTGACATCCCAGCCCCGGACATGGGTACCAATGCTCAGgtatgttccg ... ttttgtacagACTATGGCTTGGATTTTGGA